<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <div class="moz-cite-prefix">Hi Joel,<br>
      <br>
      phenix.maps actually supposed to handle multi-model files provided
      that the occupancies are meaningful (equal to 1/N, where N is the
      number of models). But honestly I've never tried it with more than
      a few (5-10) models..<br>
      <br>
      Pavel<br>
      <br>
      <br>
      On 7/23/13 8:20 AM, Tom Burnley wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:CAF6Oaw+1mkfJ70s7v__V=xWZgch-ao0uJ6DE9cc5rJrLqDmEzA@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div dir="ltr">Hi Joel,
        <div><br>
        </div>
        <div>Short answer is no you need to run the jobs again. &nbsp;However
          if they took an age to complete let me know as I have some
          scripts that can help reconstruct the maps. &nbsp;Also please could
          you email me (off list) the input parameter file you used.
          &nbsp;You are correct that the map_type=None likely caused the
          crash but I'd like to check that and make it so it intercepts
          this issue earlier in the code.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Cheers,</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Tom</div>
      </div>
      <div class="gmail_extra"><br>
        <br>
        <div class="gmail_quote">On 23 July 2013 17:05, Bard, Joel <span
            dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"
              href="mailto:Joel.Bard@pfizer.com" target="_blank">Joel.Bard@pfizer.com</a>&gt;</span>
          wrote:<br>
          <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
            .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
            <div link="blue" vlink="purple" lang="EN-US">
              <div>
                <p class="MsoNormal">Hi-</p>
                <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>
                <p class="MsoNormal">I ran phenix.ensemble refinement
                  which worked very nicely but crashed during map
                  output.&nbsp; I think this was my fault for using a
                  parameter file that had map_type = None (I didn&#8217;t look
                  and assumed the default was reasonable).&nbsp; I would like
                  to calculate maps after the fact.&nbsp; Is there a way to
                  run the map calculation on the output ensemble pdb
                  file and reflection data?&nbsp; I tried phenix.maps which
                  choked on the huge ensemble.
                </p>
                <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>
                <p class="MsoNormal">Thanks,<span class="HOEnZb"></span></p>
                <span class="HOEnZb"><font color="#888888">
                    <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>
                    <p class="MsoNormal">Joel<br>
                    </p>
                  </font></span></div>
            </div>
          </blockquote>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>