<div dir="ltr">










<style>
<!--
 /* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:Cambria;
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;
        mso-font-charset:0;
        mso-generic-font-family:auto;
        mso-font-pitch:variable;
        mso-font-signature:3 0 0 0 1 0;}
 /* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {mso-style-parent:"";
        margin-top:0cm;
        margin-right:0cm;
        margin-bottom:10.0pt;
        margin-left:0cm;
        mso-pagination:widow-orphan;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman";
        mso-ascii-font-family:Cambria;
        mso-fareast-font-family:Cambria;
        mso-hansi-font-family:Cambria;
        mso-bidi-font-family:"Times New Roman";}
@page Section1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 90.0pt 72.0pt 90.0pt;
        mso-header-margin:36.0pt;
        mso-footer-margin:36.0pt;
        mso-paper-source:0;}
div.Section1
        {page:Section1;}
-->
</style>






<p class=""><span style="font-size:10pt">Hi all, <br>
I have a refined structure with phenix. The resolution=3.2 Ĺ. After refinement,
the R-work=0.2186, R-free=0.2864, Bonds=0.010, Angles=1.515. </span></p>

<p class=""><span style="font-size:10pt">Ramachandran outliers: 4.8%,
Ramachandran favored: 80.8%. </span></p>

<p class=""><span style="font-size:10pt">Rotamer outliers: 14.5%,
c-beta outliers: 2</span></p>

<p class=""><span style="font-size:10pt">clashscore: 16.28, overall
score: 3.32</span></p><p class=""><span style="font-size:10pt">
To fix the Ramanchandran outliers, in coot, by changing the phi-psi of the
outliers, I could manage to move most of them to the allowed positions. But,
after another refinement in phenix, those outliers come back. </span></p>

<p class=""><span style="font-size:10pt">I am wondering whether any of
you have any suggestions for me on how to fix these outliers. </span></p>

<p class=""><span style="font-size:10pt">Also, I read in a previous post
that “all outliers could be first fixed manually in Coot (also applying
real-space refinement with Coot&#39;s Ramachandran restraints turned on), as the
default potential is very tight and can pull residues the wrong way if they&#39;re
starting from a very bad position”. </span></p>

<p class=""><span style="font-size:10pt">I am wondering whether any of
you have done this before in coot, and can you please tell me specifically how
this is done. Thank you so much! </span></p>

<p class=""><span style="font-size:10pt"><br>
Best,</span></p>

<p class=""><span style="font-size:10pt">Wei </span></p>

<p class=""><span style="font-size:10pt"> </span></p>





</div>