<div dir="ltr">Hi Nigel,<div><br></div><div>It worked! Thanks a lot!</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Mengbin</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Aug 20, 2013 at 3:03 PM, Nigel Moriarty <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:nwmoriarty@lbl.gov" target="_blank">nwmoriarty@lbl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Mengbin<div><br></div><div>You can use the intra_chain=True option to automatically link the ring. If that fails send me the model and I&#39;ll provide the files used in an older method.</div>
<div><br></div>

<div>Nigel</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On Tue, Aug 20, 2013 at 11:32 AM, Mengbin Chen <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mengbinc@sas.upenn.edu" target="_blank">mengbinc@sas.upenn.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>


</div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5"><div dir="ltr">Dear Phenix Users,<div><br></div><div>My colleague has got into trouble when he was refining a peptide ligand with a coumarin ring attached via a peptide bond. The peptide part is composed of natural amino acids, which does not require a cif file. On the other hand, a cif file has been created for the coumarin ring. Unfortuantely, after the refinement run, the peptide and the coumarin ring fell apart, and we could not figure out why this is happening. We are using the Phenix-dev-1370 version. Any help would be appreciated!</div>



<div><br></div><div>Thank you in advance,</div><div>Mengbin<span><font color="#888888"><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Mengbin Chen<div>Department of Chemistry</div><div>University of Pennsylvania</div>


</font></span></div></div>
<br></div></div>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br></blockquote></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Nigel W. Moriarty<br>Building 64R0246B, Physical Biosciences Division<br>Lawrence Berkeley National Laboratory<br>
Berkeley, CA 94720-8235<br>Phone : <a href="tel:510-486-5709" value="+15104865709" target="_blank">510-486-5709</a>� �� Email : NWMoriarty@LBL.gov<br>

Fax�� : <a href="tel:510-486-5909" value="+15104865909" target="_blank">510-486-5909</a>� � �� Web� : <a href="http://CCI.LBL.gov" target="_blank">CCI.LBL.gov</a>
</font></span></div>
<br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Mengbin Chen<div>Department of Chemistry</div><div>University of Pennsylvania</div>
</div>