<div dir="ltr">Engin<div><br></div><div>I have been improving the  glycosylation linking in Phenix and noted the lack of chirality and just plane wrong torsions. </div><div><br></div><div>Here is my current thinking about NAG-ASN. I have added torsions to the BETA1-4 etc in recent nightly builds and will be working on torsions soon. I shall keep you informed.</div>

<div><br></div><div>Cheers</div><div><br></div><div>Nigel</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Aug 28, 2013 at 5:00 PM, Engin Özkan <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:eozkan@stanford.edu" target="_blank">eozkan@stanford.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <div>Dear Nigel,<br>
      <br>
      Can I please vote in favor of having torsion and chirality
      restraints added to the monomer library for NAG-ASN links?
      BETA1-4, etc. have them, why not NAG-ASN? Something like CNS has
      for the equivalent B1N in &quot;carbohydrate.top&quot;. This would really
      help those of us cursed with glycosylation, and would make our
      unfortunate lives wee bit easier.<br>
      <br>
      Cheers,<br>
      Engin<br>
      <br>
      P.S. You may want to resend your post; I didn&#39;t receive your
      attachment.<div><div class="h5"><br>
      <br>
      On 8/28/13 6:54 PM, Nigel Moriarty wrote:<br>
    </div></div></div><div><div class="h5">
    <blockquote type="cite">
      <div dir="ltr">Fengyun
        <div><br>
        </div>
        <div>Supply this file to phenix.refine to retain the chiral. I
          have been debating adding this to the GeoStd so if it works
          I&#39;d like to see the result and maybe add it.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Cheers</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Nigel</div>
      </div>
      <div class="gmail_extra"><br>
        <br>
        <div class="gmail_quote">On Wed, Aug 28, 2013 at 4:18 PM, <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:fn1@rice.edu" target="_blank">fn1@rice.edu</a>&gt;</span>
          wrote:<br>
          <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi
            everyone,<br>
            <br>
            I am refining a glycoprotein model, and I have applied
            NAG-ASN link to the ASN. But the beta-conformation of NAG
            could not be retained after refinement for some sites. I
            read the cif file and find that there are only angle
            definitions for NAG-ASN. The dihedral and charility
            information are missing.  Is there a way that I could retain
            the charility of C1 of NAG?<br>
            <br>
            Thank you!<br>
            Fengyun<br>
            <br>
            _______________________________________________<br>
            phenixbb mailing list<br>
            <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
            <a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
          </blockquote>
        </div>
        <br>
        <br clear="all">
        <div><br>
        </div>
        -- <br>
        Nigel W. Moriarty<br>
        Building 64R0246B, Physical Biosciences Division<br>
        Lawrence Berkeley National Laboratory<br>
        Berkeley, CA 94720-8235<br>
        Phone : <a href="tel:510-486-5709" value="+15104865709" target="_blank">510-486-5709</a>     Email : <a href="mailto:NWMoriarty@LBL.gov" target="_blank">NWMoriarty@LBL.gov</a><br>
        Fax   : <a href="tel:510-486-5909" value="+15104865909" target="_blank">510-486-5909</a>       Web  : <a href="http://CCI.LBL.gov" target="_blank">CCI.LBL.gov</a>
      </div>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <br>
      <pre>_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </div></div></div>

<br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Nigel W. Moriarty<br>Building 64R0246B, Physical Biosciences Division<br>Lawrence Berkeley National Laboratory<br>Berkeley, CA 94720-8235<br>Phone : 510-486-5709     Email : NWMoriarty@LBL.gov<br>

Fax   : 510-486-5909       Web  : <a href="http://CCI.LBL.gov">CCI.LBL.gov</a>
</div>