<div dir="ltr"><div class="gmail_extra">On Wed, Aug 28, 2013 at 8:45 AM, Matthew Franklin <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mfranklin@nysbc.org" target="_blank">mfranklin@nysbc.org</a>&gt;</span> wrote:<br><div class="gmail_quote">

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <div>From your Coot window, you can go to Edit-&gt;Preferences, then
      select the &quot;Map Colours&quot; tab in the resulting window.  You should
      see radio buttons for &quot;Coot colours&quot; and &quot;O colours&quot;.  The way
      these work is that you select the desired colo(u)r for the
      positive difference density (e.g. green).  The negative contour is
      then 120 degrees ahead (clockwise) on the color wheel if you
      choose Coot colors, or 120 degrees behind if you choose O colors.<br>
      <br>
      It looks to me like you want positive to be green, and negative to
      be red.  So I think you want Coot colors, and positive set to
      green.  At the moment, it appears that you have O colors.<br></div></div></blockquote><div><br></div><div style>Excellent suggestion.  Heather, does this solve the problem?</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000"><div>
      I have no idea if your selections will be kept the next time
      Phenix opens a window for you.  Probably not.<br></div></div></blockquote><div><br></div><div style>The Phenix plugin adjusts a few of the settings, but it should leave this one alone - only the default map colors are set, not the other display options.  (Although the color for the negative contours will just be ignored anyway, so I&#39;m taking those out of the Phenix preferences.)  In general most personal Coot settings should be unmolested - if not, please let me know.</div>

<div style><br></div><div style>-Nat</div></div></div></div>