<div dir="ltr">Hi Dan,<div><br></div><div>I agree with Pavel, we&#39;ll really need to see your files to be able to figure out what is going on. Something is going wrong with the alignment routine that is used to decide residue matching for reference restraints, but without seeing the files it&#39;s hard to speculate as to why.</div>

<div><br></div><div>If you could send your files to me or Pavel (directly, not to the list) we&#39;ll be able to sort out what is going wrong.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Jeff</div></div><div class="gmail_extra">

<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Aug 30, 2013 at 11:46 PM, Pavel Afonine <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pafonine@lbl.gov" target="_blank">pafonine@lbl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">


  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <div>Hi Dan,<br>
      <br>
      the only way we can help (= debug the problem, fix it or/and
      suggest a work-around) is if we can reproduce it here locally. To
      do this we need all inputs and commands necessary to reproduce the
      refinement run that crashed. Please send files to me (not to whole
      mailing list) and I will look myself or redirect to a respective
      developer.<br>
      <br>
      Thanks,<br>
      Pavel<div><div class="h5"><br>
      <br>
      On 8/30/13 4:32 PM, Dan McNamara wrote:<br>
    </div></div></div>
    <blockquote type="cite"><div><div class="h5">
      <div dir="ltr">
        <div>Hi all,<br>
          <br>
          I am encountering a strange crash when running phenix.refine
          through the command line with reference model restraints
          turned on. The references point to two different PDB files,
          one labeled as chain A and one labeled as chain B.<br>
          <br>
          This error occurs whether I have my refinement model in P1
          with 192 chains or P2(1) with 96 chains. The chains are A-EZ
          (192) or A-BH (96). It appears to fail to align the reference
          models to the sequences in the refinement model. This error
          does not occur with other smaller target structures under 25
          chains and reference models used with the same installation of
          phenix.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>I am hoping for any advice on why this might be happening
          or how I might get around it.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>
          <div>================== Extract refinement strategy and
            selections =================</div>
          <div><br>
          </div>
          <div>Refinement flags and selection counts:</div>
          <div>individual_sites = True (401472 atoms)</div>
          <div>torsion_angles = False (0 atoms)</div>
          <div>rigid_body = True (401472 atoms in 192 groups)</div>
          <div>individual_adp = False (iso = 0 aniso = 0)</div>
          <div>group_adp = True (201984 atoms in 25824 groups)</div>
          <div>tls = False (0 atoms in 0 groups)</div>
          <div>occupancies = False (0 atoms)</div>
          <div>group_anomalous = False</div>
          <div><br>
          </div>
          <div>n_use = 401472</div>
          <div>
            n_use_u_iso = 401472</div>
          <div>n_use_u_aniso = 0</div>
          <div>n_grad_site = 0</div>
          <div>n_grad_u_iso = 0</div>
          <div>n_grad_u_aniso = 0</div>
          <div>n_grad_occupancy = 0</div>
          <div>n_grad_fp = 0</div>
          <div>n_grad_fdp = 0</div>
          <div>
            total number of scatterers = 401472</div>
          <div>*** Adding Reference Model Restraints ***</div>
          <div>determining reference matches automatically...</div>
          <div>Traceback (most recent call last):</div>
          <div>File
            &quot;/auto_nfs/joule2/programs/phenix/phenix-installer-dev-1457/phenix-dev-1457/build/intel-linux-2.6-x86_64/../../phenix/phenix/command_line/refine.py&quot;,
            line 11, in &lt;module&gt;</div>
          <div>command_line.run(command_name=&quot;phenix.refine&quot;,
            args=sys.argv[1:])</div>
          <div>File
            &quot;/auto_nfs/joule2/programs/phenix/phenix-installer-dev-1457/phenix-dev-1457/phenix/phenix/refinement/command_line.py&quot;,
            line 92, in run</div>
          <div>master_params=customized_master_params)</div>
          <div>File
            &quot;/auto_nfs/joule2/programs/phenix/phenix-installer-dev-1457/phenix-dev-1457/phenix/phenix/refinement/driver.py&quot;,
            line 501, in __init__</div>
          <div>log=self.log)</div>
          <div>File
            &quot;/auto_nfs/joule2/programs/phenix/phenix-installer-dev-1457/phenix-dev-1457/cctbx_project/mmtbx/torsion_restraints/reference_model.py&quot;,
            line 147, in __init__</div>
          <div>self.get_reference_dihedral_proxies()</div>
          <div>File
            &quot;/auto_nfs/joule2/programs/phenix/phenix-installer-dev-1457/phenix-dev-1457/cctbx_project/mmtbx/torsion_restraints/reference_model.py&quot;,
            line 460, in get_reference_dihedral_proxies</div>
          <div>log=self.log)</div>
          <div>File
            &quot;/auto_nfs/joule2/programs/phenix/phenix-installer-dev-1457/phenix-dev-1457/cctbx_project/mmtbx/torsion_restraints/reference_model.py&quot;,
            line 323, in process_reference_groups</div>
          <div>moving_chain = mod_h)</div>
          <div>File
            &quot;/auto_nfs/joule2/programs/phenix/phenix-installer-dev-1457/phenix-dev-1457/cctbx_project/mmtbx/torsion_restraints/utils.py&quot;,
            line 426, in _ssm_align</div>
          <div>ssm_alignment =
            ccp4io_adaptbx.SSMAlignment.residue_groups(match=ssm)</div>
          <div>File
            &quot;/auto_nfs/joule2/programs/phenix/phenix-installer-dev-1457/phenix-dev-1457/ccp4io_adaptbx/__init__.py&quot;,
            line 215, in residue_groups</div>
          <div>return cls( match = match, indexer = indexer )</div>
          <div>File
            &quot;/auto_nfs/joule2/programs/phenix/phenix-installer-dev-1457/phenix-dev-1457/ccp4io_adaptbx/__init__.py&quot;,
            line 176, in __init__</div>
          <div>self.pairs.append( ( get( f, indexer1 ), get( s, indexer2
            ) ) )</div>
          <div>File
            &quot;/auto_nfs/joule2/programs/phenix/phenix-installer-dev-1457/phenix-dev-1457/ccp4io_adaptbx/__init__.py&quot;,
            line 173, in get</div>
          <div>assert identifier in indexer, &quot;Id %s missing&quot; % str(
            identifier )</div>
          <div>AssertionError: Id (&#39;A&#39;, 1, &#39; &#39;) missing</div>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Best,<br>
          Dan</div>
      </div>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <br>
      </div></div><pre>_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </div>

<br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>