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</head>
<body fpstyle="1" ocsi="0">
<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Hi Heather,
<div><br>
</div>
<div>Hmm... a little hard to tell what the problem is.</div>
<div><br>
</div>
<div>So first: &nbsp;autobuild should have refined this model as one of the first things it did. &nbsp;Did it get about the same R that you got when refining it directly with phenix.refine? &nbsp;If no, then have a look at the refinement .eff files (the autobuild one is in
 AutoBuild_run_1_/TEMP0 unless that was cleaned up) and see what is different.</div>
<div><br>
</div>
<div>Next....what happens if you just run phenix.refine to get a map, also take the map from this autobuild run, and look at them along with your model. Is one a lot better than the other?</div>
<div><br>
</div>
<div>If you take your best working map and run phenix.fit_loops with this model...how does that do?</div>
<div><br>
</div>
<div>All the best,</div>
<div>Tom T</div>
<div><br>
<div style="font-family: Times New Roman; color: #000000; font-size: 16px">
<hr tabindex="-1">
<div id="divRpF398668" style="direction: ltr; "><font face="Tahoma" size="2" color="#000000"><b>From:</b> phenixbb-bounces@phenix-online.org [phenixbb-bounces@phenix-online.org] on behalf of Heather L Condurso [condurso@bc.edu]<br>
<b>Sent:</b> Friday, September 06, 2013 3:54 PM<br>
<b>To:</b> PHENIX user mailing list<br>
<b>Subject:</b> [phenixbb] Autobuild<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>
<div dir="ltr">I'm a bit confused about what is going on with my autobuild run. &nbsp;I solved a structure from anomalous data to 2.7A but many loops are missing. &nbsp;I ran phaser with the current model and native data that extends to 2.4A and got a solution and started
 autobuild from there. &nbsp;I used mostly the default settings and rebuild_in_place=False. &nbsp;After a pretty short time I realized the run was over and at the bottom of the log I see this:
<div><br>
</div>
<div>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">Cycle 3&nbsp; R/Rfree=0.28/0.35&nbsp; Built=488&nbsp; Placed=467</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier; min-height:13.0px">
<br>
</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">AutoBuild_build_cycle&nbsp; AutoBuild&nbsp; Run 162 Fri Sep&nbsp; 6 14:33:39 2013</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier; min-height:13.0px">
<br>
</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier; min-height:13.0px">
<br>
</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">Deciding if we should continue...</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">Recent R change per cycle:&nbsp; 0.0</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier; min-height:13.0px">
<br>
</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">Ending these build cycles as the recent change in R per cycle has been&nbsp;</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">0.0 and the required value of change&nbsp; is&nbsp; -0.005</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">and the R is somewhat acceptable at 0.276670644792</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">All done with build cycles in this region</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier; min-height:13.0px">
<br>
</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">AutoBuild_set_up_build&nbsp; AutoBuild&nbsp; Run 162 Fri Sep&nbsp; 6 14:33:40 2013</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier; min-height:13.0px">
<br>
</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">All omit/non-omit regions completed</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier; min-height:13.0px">
<br>
</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">finished&nbsp; AutoBuild&nbsp; Run 162 Fri Sep&nbsp; 6 14:33:40 2013</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier; min-height:13.0px">
<br>
</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">Finishing&nbsp; AutoBuild Run 162</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">Facts written to AutoBuild_run_162_/AutoBuild_Facts.dat</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">AutoBuild Run 162</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier; min-height:13.0px">
<br>
</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">Summary of model-building for run 162&nbsp; Fri Sep&nbsp; 6 14:33:40 2013</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">Files are in the directory:&nbsp; /Users/heather/Desktop/M/AutoBuild_run_162_/</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier; min-height:13.0px">
<br>
</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier; min-height:13.0px">
<br>
</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">Starting mtz file: /Users/heather/Desktop/M/ImportRawData_run_4_/A-3_xx_PHX.mtz</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">Sequence file: /Users/heather/Desktop/M/m.pir</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier; min-height:13.0px">
<br>
</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">Best solution on cycle: 2&nbsp; &nbsp; R/Rfree=0.26/0.33</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier; min-height:13.0px">
<br>
</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">Summary of output files for Solution 1 from rebuild cycle 2</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier; min-height:13.0px">
<br>
</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">---&nbsp; Model (PDB file)&nbsp; ---</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">pdb_file: /Users/heather/Desktop/M/AutoBuild_run_162_/overall_best.pdb</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier; min-height:13.0px">
<br>
</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">---&nbsp; Model (CIF file)&nbsp; ---</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">cif_pdb_file: /Users/heather/Desktop/M/AutoBuild_run_162_/overall_best.cif</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier; min-height:13.0px">
<br>
</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">---&nbsp; Refinement log file ---</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">log_refine: /Users/heather/Desktop/M/AutoBuild_run_162_/overall_best.log_refine</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier; min-height:13.0px">
<br>
</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">---&nbsp; Model-building log file ---</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">log: /Users/heather/Desktop/M/AutoBuild_run_162_/overall_best.log</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier; min-height:13.0px">
<br>
</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">---&nbsp; Model-map correlation log file ---</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">log_eval: /Users/heather/Desktop/M/AutoBuild_run_162_/overall_best.log_eval</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier; min-height:13.0px">
<br>
</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">---&nbsp; 2FoFc and FoFc map coefficients from refinement 2FOFCWT PH2FOFCWT FOFCWT PHFOFCWT ---</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">refine_map_coeffs: /Users/heather/Desktop/M/AutoBuild_run_162_/overall_best_refine_map_coeffs.mtz</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier; min-height:13.0px">
<br>
</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">---&nbsp; Data for refinement FP SIGFP PHIM FOMM HLAM HLBM HLCM HLDM FreeR_flag ---</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">refine_data: /Users/heather/Desktop/M/AutoBuild_run_162_/overall_best_refine_data.mtz</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier; min-height:13.0px">
<br>
</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">---&nbsp; Density-modified map coefficients FWT PHWT ---</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">denmod_map_coeffs: /Users/heather/Desktop//AutoBuild_run_162_/overall_best_denmod_map_coeffs.mtz</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier; min-height:13.0px">
<br>
</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier; min-height:13.0px">
<br>
</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">You might consider making one very good model now with:&nbsp;</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier; min-height:13.0px">
<br>
</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">phenix.autobuild \</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">&nbsp;data=/Users/heather/Desktop/M/AutoBuild_run_162_/overall_best_refine_data.mtz \</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">&nbsp;model=/Users/heather/Desktop/M/AutoBuild_run_162_/overall_best.pdb \</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">&nbsp;rebuild_in_place=True \</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier">&nbsp;seq_file=/Users/heather/Desktop/M/m.pir</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font:11.0px Courier; min-height:13.0px">
<br>
</p>
<div>My full sequence is 325 amino acids so only about 75% is build in. &nbsp;I am hoping autobuild can help find at least some of these missing residues. &nbsp;Why would the change in R be zero? What is meant by &quot;You might consider making one very good model now with:&quot;?
 &nbsp;I tried running autobuild with these new files and rebuild_in_place=true and get the same type of message. &nbsp;Is this the best that autobuild&nbsp;can do? &nbsp;I also ran the phaser solution through refinement and can significantly lower the Rs from 0.26/0.33 to 0.22/0.30.
 &nbsp;I appreciate any advice on how best to proceed. &nbsp;</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div>I am using 1.8.2-1472 if that matters.</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks,</div>
<div>Heather</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>