<div dir="ltr"><div><div>Thanks Nigel,<br><br></div>All I need now is a cif file for acetyl-methionine.  How do I get to this? And should the cif file be for the free amino acid or for the residue in the peptide chain?<br>
<br></div>Ursula<br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Sep 20, 2013 at 1:15 PM, Nigel Moriarty <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:nwmoriarty@lbl.gov" target="_blank">nwmoriarty@lbl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">To have the refinement link the residues you should use the parameter intra_chain=True and check the bonds in the .geo file.<div>
<br></div><div>Paul Emsley will likely answer that Coot question.</div><div><br>

</div><div>Nigel</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On Fri, Sep 20, 2013 at 12:06 PM, Ursula Schulze-Gahmen <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:uschulze-gahmen@lbl.gov" target="_blank">uschulze-gahmen@lbl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br>


</div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5">I am trying to include a N-terminal acetylated methionine in my model.<br>
I replaced my methionine with a AME residue from the pdb data bank and<br>
included a link command to connect the C from AME with the N of the<br>
second residue. The AME is defined as HETATM. When I try to regularize<br>
this structure in Coot it doesn&#39;t recognize that the 1. and 2. residue<br>
should stay connected. What or how do I need to define this residue or<br>
the connection so that I can model in Coot and refine in Phenix?<br>
</div></div><span><font color="#888888"><div><div class="h5"><br>
Ursula<br>
--<br>
Ursula Schulze-Gahmen, Ph.D.<br>
Assistant Researcher<br>
UC Berkeley, QB3<br>
356 Stanley Hall #3220<br>
Berkeley, CA 94720-3220<br></div></div>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
</font></span></font></span></blockquote></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Nigel W. Moriarty<br>Building 64R0246B, Physical Biosciences Division<br>Lawrence Berkeley National Laboratory<br>
Berkeley, CA 94720-8235<br>Phone : <a href="tel:510-486-5709" value="+15104865709" target="_blank">510-486-5709</a>     Email : NWMoriarty@LBL.gov<br>

Fax   : <a href="tel:510-486-5909" value="+15104865909" target="_blank">510-486-5909</a>       Web  : <a href="http://CCI.LBL.gov" target="_blank">CCI.LBL.gov</a>
</font></span></div>
<br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Ursula Schulze-Gahmen, Ph.D.<br>Assistant Researcher<br>UC Berkeley, QB3<br>356 Stanley Hall #3220<br>Berkeley, CA 94720-3220<br>
</div>