<div dir="ltr">Yes, this is not unexpected. DEN is very time consuming, and is often measured in days, not minutes or hours.<div><br></div><div>If you still see a load on your processor, then it is probably still running.</div>

<div><br></div><div>Do you have access to a machine with multiple processors? Doing a full optimization on a single processor is going to take a very long time.</div><div><br></div><div>Jeff</div></div><div class="gmail_extra">

<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Sep 24, 2013 at 4:34 PM, Jan van Agthoven <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:janccp4@gmail.com" target="_blank">janccp4@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

Hi,<br>
I launched a DEN refinement 4 hours ago, and it remain stuck with the<br>
following message:<br>
<br>
� � � � � ----------coordinate minimization before annealing----------<br>
<br>
Running DEN torsion optimization on 1 processors...<br>
Running torsion simulated annealing<br>
� ...trying gamma 0.0, weight 3.0<br>
<br>
Is this normal? Is torsion simulated annealing so long?<br>
<br>
Thanks,<br>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
</blockquote></div><br></div>