<div dir="ltr"><div><div>Hi all, <br>I am working with a dataset in space P212121, resolution 2.8 amstrong, total completeness of the data 96.2% (98.1%), I/sigma 5.2 (3.1). <br>This is a structure of a transcriptional factor (dimer) with the ligand. Upon ligand binding, there is conformational change in some part of the protein and I used the apo protein structure as a search model, and get a molecular replacement solution. After some rounds of refinement and rebuild (mainly in a region in the C-terminal ligand binding domain), the best refinement I have is as follows. But the electron density map for the C-terminal DNA binding (about 80 residues) is still very bad.... I tried to mutate them to alanine and do refinement and also tried to delete the whole region to do refinement, but both of the strategies didn&#39;t give me better density which I could use to rebuild the residues manually. I am wondering whether any of you have any ideas about what might go wrong and any suggestions about what to check or try next. Thank you so much! <br>
<br></div>��������������� � � � �� start�������� final<br>� ---------------------------------------<br>� R-work:���������� 0.3220������� 0.3100<br>� R-free:���������� 0.3916������� 0.3884<br>� RMS(angles):����� 2.50��������� 1.39<br>
� RMS(bonds):������ 0.016������� 0.010<br><br><br>���������������� Ramachandran outliers:�� 1.8% (Goal: &lt; 0.2%)<br>����������������� Ramachandran favored:� 89.0% (Goal: &gt; 98%)<br>��������������������� Rotamer outliers:�� 5.4% (Goal: 1%)<br>
���������������������� C-beta outliers:�� 0��� (Goal: 0)<br>��������������������������� Clashscore:� 11.50<br>������������������������ Overall score:�� 2.71<br><br></div>Best,<br>Wei <br><div><br></div></div>