<div dir="ltr">I am sorry I made a mistake the previous email. The density for the N-terminal DNA binding domain is bad, not the C-terminal  DNA binding domain. Thank you! <br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">
On Thu, Oct 3, 2013 at 11:51 PM, Wei Shi <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:wei.shi118@gmail.com" target="_blank">wei.shi118@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr"><div><div>Hi all, <br>I am working with a dataset in space P212121, resolution 2.8 amstrong, total completeness of the data 96.2% (98.1%), I/sigma 5.2 (3.1). <br>This is a structure of a transcriptional factor (dimer) with the ligand. Upon ligand binding, there is conformational change in some part of the protein and I used the apo protein structure as a search model, and get a molecular replacement solution. After some rounds of refinement and rebuild (mainly in a region in the C-terminal ligand binding domain), the best refinement I have is as follows. But the electron density map for the C-terminal DNA binding (about 80 residues) is still very bad.... I tried to mutate them to alanine and do refinement and also tried to delete the whole region to do refinement, but both of the strategies didn&#39;t give me better density which I could use to rebuild the residues manually. I am wondering whether any of you have any ideas about what might go wrong and any suggestions about what to check or try next. Thank you so much! <br>

<br></div>                         start         final<br>  ---------------------------------------<br>  R-work:           0.3220        0.3100<br>  R-free:           0.3916        0.3884<br>  RMS(angles):      2.50          1.39<br>

  RMS(bonds):       0.016        0.010<br><br><br>                 Ramachandran outliers:   1.8% (Goal: &lt; 0.2%)<br>                  Ramachandran favored:  89.0% (Goal: &gt; 98%)<br>                      Rotamer outliers:   5.4% (Goal: 1%)<br>

                       C-beta outliers:   0    (Goal: 0)<br>                            Clashscore:  11.50<br>                         Overall score:   2.71<br><br></div>Best,<br>Wei <br><div><br></div></div>
</blockquote></div><br></div>