<div dir="ltr">Hi Pavel,<div><br></div><div style>It is embarrassing that I didn&#39;t read this section at all. I was searching around in the GUI and failed to set the constraint group for occupancy, but I am able to run it correctly by command now guided by the documentation.  </div>
<div style><br></div><div style>Thanks</div><div style><br></div><div style>Yu</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Oct 3, 2013 at 3:32 PM, Pavel Afonine <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pafonine@lbl.gov" target="_blank">pafonine@lbl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Yu,<br>
<br>
have you already read section of phenix.refine manual that (I hope) answers your questions in details? If not - please give it a try, and if you still have questions please let me know and I will be more than happy to help.<br>

<br>
<a href="http://phenix-online.org/documentation/refinement.htm#anch111" target="_blank">http://phenix-online.org/<u></u>documentation/refinement.htm#<u></u>anch111</a><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
Pavel</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
On 10/3/13 12:27 PM, Zhang yu wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi Nigel,<br>
<br>
Another question. How do I let phenix.refine know that all atoms in my ligand should have the same occupancy for one conformation? The occupancy refinement in phenix.refine assigned different occupancies to atoms in one conformation.<br>

<br>
Thanks<br>
<br>
Yu<br>
<br>
<br>
</blockquote>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>