<div dir="ltr"><div>Hi Professor Read,<br>Thank you so much for your suggestions! <br>I used the brute rotation function in phenix GUI (Phaser-MR) but didn&#39;t get any output and I don&#39;t know whether I set the running parameters right.... Below is what I did. <br>
I first did the molecular replacement solution using only the C-terminal domain as search model and got a solution. And, then I loaded the pdb file from this molecular replacement solution onto Phaser-MR as Ensemble 1 and click Ensemble is fixed partial solution and also load the pdb file for the N-terminal DNA binding domain as Ensemble 2 and tell the program to search for 2 copies of the N-terminal DNA binding domain. And for phaser mode, I chose Brute rotation function. And then I went to &#39;settings&#39; and &#39;search parameters&#39; and entered rotate, it displays Volume, Euler and Range and I select &#39;around&#39; for Volume and for Euler I entered the Euler values from the molecular replacement solution using C-terminal domain as search model, and for range I entered 30 (are these values I entered right???). And, I also unclick &#39;select clustered peak&#39;. Then, I ran the Phaser-MR with the above settings but got no output file.... I don&#39;t know whether I did something not correct.... <br>
Besides, from the Brute rotation function, what kind of output I am expecting? How can this be used as input for translational searches and what are the settings for the run? Thank you so much!<br><br></div>Best,<br>Wei <br>
</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Oct 4, 2013 at 4:04 AM, Randy Read <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:rjr27@cam.ac.uk" target="_blank">rjr27@cam.ac.uk</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
If the density is bad for one domain, it could be poorly ordered (in which case you will have a hard time improving things much), but the high R-factors might be indicating that it&#39;s well-ordered but just not placed correctly.  You mentioned that there is a conformational change on binding.  Could this involve a movement of the N-terminal domain, which might not have been modelled correctly yet?<br>

<br>
What I would try in this situation is to trim off the N-terminal domain, provide Phaser with the rest of the structure as a fixed partial molecular replacement solution, and then run a search looking for the N-terminal domain.  If it is relatively small, then the signal may be poor so a default search may not work.  Often, with small substituents, the weakest part of the search is the rotation search.  However, you can take advantage of what you know from the apo-structure and assume that the domain will only differ by a relatively small angle (say, up to 30 degrees), generate all orientation angles similar to the orientation of the rest of the protein (achieved by running a brute rotation search around the angles for the rest of the protein, turning off clustering and accepting all rotations), and use this set of orientations for translation searches.<br>

<br>
An alternative that might work for small changes in orientation would be to carry out a rigid-body refinement of the N-terminal domain and the rest of the structure as two rigid groups, either in Phaser or in phenix.refine.<br>

<br>
Good luck!<br>
<br>
Randy Read<br>
<div><div class="h5"><br>
On 4 Oct 2013, at 04:51, Wei Shi &lt;<a href="mailto:wei.shi118@gmail.com">wei.shi118@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
<br>
&gt; Hi all,<br>
&gt; I am working with a dataset in space P212121, resolution 2.8 amstrong, total completeness of the data 96.2% (98.1%), I/sigma 5.2 (3.1).<br>
&gt; This is a structure of a transcriptional factor (dimer) with the ligand. Upon ligand binding, there is conformational change in some part of the protein and I used the apo protein structure as a search model, and get a molecular replacement solution. After some rounds of refinement and rebuild (mainly in a region in the C-terminal ligand binding domain), the best refinement I have is as follows. But the electron density map for the C-terminal DNA binding (about 80 residues) is still very bad.... I tried to mutate them to alanine and do refinement and also tried to delete the whole region to do refinement, but both of the strategies didn&#39;t give me better density which I could use to rebuild the residues manually. I am wondering whether any of you have any ideas about what might go wrong and any suggestions about what to check or try next. Thank you so much!<br>

&gt;<br>
&gt;                          start         final<br>
&gt;   ---------------------------------------<br>
&gt;   R-work:           0.3220        0.3100<br>
&gt;   R-free:           0.3916        0.3884<br>
&gt;   RMS(angles):      2.50          1.39<br>
&gt;   RMS(bonds):       0.016        0.010<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;                  Ramachandran outliers:   1.8% (Goal: &lt; 0.2%)<br>
&gt;                   Ramachandran favored:  89.0% (Goal: &gt; 98%)<br>
&gt;                       Rotamer outliers:   5.4% (Goal: 1%)<br>
&gt;                        C-beta outliers:   0    (Goal: 0)<br>
&gt;                             Clashscore:  11.50<br>
&gt;                          Overall score:   2.71<br>
&gt;<br>
&gt; Best,<br>
&gt; Wei<br>
&gt;<br>
</div></div>&gt; _______________________________________________<br>
&gt; phenixbb mailing list<br>
&gt; <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
&gt; <a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br>
------<br>
Randy J. Read<br>
Department of Haematology, University of Cambridge<br>
Cambridge Institute for Medical Research      Tel: <a href="tel:%2B%2044%201223%20336500" value="+441223336500">+ 44 1223 336500</a><br>
Wellcome Trust/MRC Building                   Fax: <a href="tel:%2B%2044%201223%20336827" value="+441223336827">+ 44 1223 336827</a><br>
Hills Road                                    E-mail: <a href="mailto:rjr27@cam.ac.uk">rjr27@cam.ac.uk</a><br>
Cambridge CB2 0XY, U.K.                       <a href="http://www-structmed.cimr.cam.ac.uk" target="_blank">www-structmed.cimr.cam.ac.uk</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
</blockquote></div><br></div>