<div dir="ltr"><div>Hi Professor Read,<br>Thank you so much for your suggestions! <br>I used the brute rotation function in phenix GUI (Phaser-MR) but didn&#39;t get any output and I don&#39;t know whether I set the running parameters right.... Below is what I did. <br>
I first did the molecular replacement solution using only the C-terminal domain as search model and got a solution. And, then I loaded the pdb file from this molecular replacement solution onto Phaser-MR as Ensemble 1 and click Ensemble is fixed partial solution and also load the pdb file for the N-terminal DNA binding domain as Ensemble 2 and tell the program to search for 2 copies of the N-terminal DNA binding domain. And for phaser mode, I chose Brute rotation function. And then I went to &#39;settings&#39; and &#39;search parameters&#39; and entered rotate, it displays Volume, Euler and Range and I select &#39;around&#39; for Volume and for Euler I entered the Euler values from the molecular replacement solution using C-terminal domain as search model, and for range I entered 30 (are these values I entered right???). And, I also unclick &#39;select clustered peak&#39;. Then, I ran the Phaser-MR with the above settings but got no output file.... I don&#39;t know whether I did something not correct.... <br>
Besides, from the Brute rotation function, what kind of output I am expecting? How can this be used as input for translational searches and what are the settings for the run? Thank you so much!<br><br></div>Best,<br>Wei <br>
</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Oct 4, 2013 at 4:04 AM, Randy Read <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:rjr27@cam.ac.uk" target="_blank">rjr27@cam.ac.uk</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
If the density is bad for one domain, it could be poorly ordered (in which case you will have a hard time improving things much), but the high R-factors might be indicating that it&#39;s well-ordered but just not placed correctly. �You mentioned that there is a conformational change on binding. �Could this involve a movement of the N-terminal domain, which might not have been modelled correctly yet?<br>

<br>
What I would try in this situation is to trim off the N-terminal domain, provide Phaser with the rest of the structure as a fixed partial molecular replacement solution, and then run a search looking for the N-terminal domain. �If it is relatively small, then the signal may be poor so a default search may not work. �Often, with small substituents, the weakest part of the search is the rotation search. �However, you can take advantage of what you know from the apo-structure and assume that the domain will only differ by a relatively small angle (say, up to 30 degrees), generate all orientation angles similar to the orientation of the rest of the protein (achieved by running a brute rotation search around the angles for the rest of the protein, turning off clustering and accepting all rotations), and use this set of orientations for translation searches.<br>

<br>
An alternative that might work for small changes in orientation would be to carry out a rigid-body refinement of the N-terminal domain and the rest of the structure as two rigid groups, either in Phaser or in phenix.refine.<br>

<br>
Good luck!<br>
<br>
Randy Read<br>
<div><div class="h5"><br>
On 4 Oct 2013, at 04:51, Wei Shi &lt;<a href="mailto:wei.shi118@gmail.com">wei.shi118@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
<br>
&gt; Hi all,<br>
&gt; I am working with a dataset in space P212121, resolution 2.8 amstrong, total completeness of the data 96.2% (98.1%), I/sigma 5.2 (3.1).<br>
&gt; This is a structure of a transcriptional factor (dimer) with the ligand. Upon ligand binding, there is conformational change in some part of the protein and I used the apo protein structure as a search model, and get a molecular replacement solution. After some rounds of refinement and rebuild (mainly in a region in the C-terminal ligand binding domain), the best refinement I have is as follows. But the electron density map for the C-terminal DNA binding (about 80 residues) is still very bad.... I tried to mutate them to alanine and do refinement and also tried to delete the whole region to do refinement, but both of the strategies didn&#39;t give me better density which I could use to rebuild the residues manually. I am wondering whether any of you have any ideas about what might go wrong and any suggestions about what to check or try next. Thank you so much!<br>

&gt;<br>
&gt; � � � � � � � � � � � � �start � � � � final<br>
&gt; � ---------------------------------------<br>
&gt; � R-work: � � � � � 0.3220 � � � �0.3100<br>
&gt; � R-free: � � � � � 0.3916 � � � �0.3884<br>
&gt; � RMS(angles): � � �2.50 � � � � �1.39<br>
&gt; � RMS(bonds): � � � 0.016 � � � �0.010<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; � � � � � � � � �Ramachandran outliers: � 1.8% (Goal: &lt; 0.2%)<br>
&gt; � � � � � � � � � Ramachandran favored: �89.0% (Goal: &gt; 98%)<br>
&gt; � � � � � � � � � � � Rotamer outliers: � 5.4% (Goal: 1%)<br>
&gt; � � � � � � � � � � � �C-beta outliers: � 0 � �(Goal: 0)<br>
&gt; � � � � � � � � � � � � � � Clashscore: �11.50<br>
&gt; � � � � � � � � � � � � �Overall score: � 2.71<br>
&gt;<br>
&gt; Best,<br>
&gt; Wei<br>
&gt;<br>
</div></div>&gt; _______________________________________________<br>
&gt; phenixbb mailing list<br>
&gt; <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
&gt; <a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br>
------<br>
Randy J. Read<br>
Department of Haematology, University of Cambridge<br>
Cambridge Institute for Medical Research � � �Tel: <a href="tel:%2B%2044%201223%20336500" value="+441223336500">+ 44 1223 336500</a><br>
Wellcome Trust/MRC Building � � � � � � � � � Fax: <a href="tel:%2B%2044%201223%20336827" value="+441223336827">+ 44 1223 336827</a><br>
Hills Road � � � � � � � � � � � � � � � � � �E-mail: <a href="mailto:rjr27@cam.ac.uk">rjr27@cam.ac.uk</a><br>
Cambridge CB2 0XY, U.K. � � � � � � � � � � � <a href="http://www-structmed.cimr.cam.ac.uk" target="_blank">www-structmed.cimr.cam.ac.uk</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
</blockquote></div><br></div>