<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"><head><meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=us-ascii"><meta name=Generator content="Microsoft Word 14 (filtered medium)"><style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]--></head><body lang=EN-US link=blue vlink=purple><div class=WordSection1><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Hi Nat,<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I&#8217;m having a similar issue only in reverse. I&#8217;m working with a 1.3A data set and halfway during refinement the RMS angles and bonds shoot up (0.02/2.3) and the Rfree/Rwork drops by two points (17/15). When I don&#8217;t use the X-ray/stereochemistry and X-ray/ADP weight optimization the Rfree/Rwork values shoot up 10 points on the second run and the RMS angles/bonds drop significantly. Any help would be appreciated. I&#8217;m running the refinement on 1.8.4-1496.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Ryan Spencer<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>University of California, Irvine<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Nowick Research Group <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> phenixbb-bounces@phenix-online.org [mailto:phenixbb-bounces@phenix-online.org] <b>On Behalf Of </b>Nathaniel Echols<br><b>Sent:</b> Tuesday, October 08, 2013 4:24 AM<br><b>To:</b> PHENIX user mailing list<br><b>Subject:</b> Re: [phenixbb] Worse R factor with newer version of phenix<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p><div><p class=MsoNormal>Whenever you see the bond and angle RMSDs blow up like this, it means that the weight between the X-ray and geometry restraint terms was not calculated correctly. &nbsp;Probably the quickest solution is to set wxc_scale much lower - the default is 0.5 but at this resolution I think 0.1 would be more appropriate, and you could try setting it even lower. &nbsp;(Note that if you have weight optimization turned on this will have no effect.) &nbsp;However, the fact that you didn't see this before suggests that there may be a bug somewhere that is specific to your data. &nbsp;Could you please send us input files and log file at <a href="mailto:bugs@phenix-online.org">bugs@phenix-online.org</a> so one of us can take a look? &nbsp;(These will be kept private, obviously.)<o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>thanks,<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>Nat<o:p></o:p></p></div></div><div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></p><div><p class=MsoNormal>On Mon, Oct 7, 2013 at 12:46 PM, Jan van Agthoven &lt;<a href="mailto:janccp4@gmail.com" target="_blank">janccp4@gmail.com</a>&gt; wrote:<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>Hi everyone,<br>I've been working on a low resolution structure (3.6A) which was<br>previously refined with phenix &nbsp;1.8_1069 (with a reference model,<br>strategy=individual_sites,individual_adp ). I used the same input<br>files and parameters and ended up with significantly different R<br>factors.<br><br>Start: r_work = 0.2850 r_free = 0.3189 bonds = 0.005 angles = 1.059<br><br>Final: r_work = 0.2609 r_free = 0.3160 bonds = 0.003 angles = 0.997<br><br>For the old version<br><br>and<br><br>Start: r_work = 0.2779 r_free = 0.3183 bonds = 0.006 angles = 1.141<br>Final: r_work = 0.2889 r_free = 0.3303 bonds = 0.021 angles = 2.737<br><br>with the new &nbsp;version 1.8.4<br><br>Remarkably it also came with an increased number of C-beta deviation<br>(0 against 16!).<br><br>Adding tls refinement or ramachandran restrains did not help.<br><br>Now because I was using the .eff file of an old version of phenix, it<br>came with a long list of unused parameters. These parameters however<br>were all used by default.<br><br>What should I do? Should I go back to this old phenix, or is there a<br>way to improve the result?<br><br>Thanks,<br>_______________________________________________<br>phenixbb mailing list<br><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br><a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p></div></div></body></html>