<div dir="ltr">I think the problem is with the boolean logic (&quot;and&quot;/&quot;or&quot;).  First, the isotropic:<div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">


optional (element H or element D or resname HOH or chain E or chain F or chain A or chain B)<br></blockquote><div><br></div><div>This will be processed okay but it&#39;s going to select all atoms in chains A/B/E/F in addition to all H/D and waters, which probably isn&#39;t what you really want since the anisotropic selection includes chains A and B.  I&#39;m not sure what will actually happen here, but it&#39;s better not to rely on the atom selections being processed in a particular order (and better not to rely on the code automatically handling the problem of overlapping selections).</div>


<div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">chain A and chain B and not (element H or element D or resname HOH or chain E or chain F or chain A resseq 5:11 or chain A resseq 66:72 or chain A resseq 117:138 or chain A resseq 152:184 or chain A resseq 196:210 or chain A resseq 249:251 or chain B resseq 3:6 or chain B resseq 66:72 or chain B resseq 166:210 or chain B resseq 249:251)<br>

</blockquote><div><br></div><div style>The problem here is that you have specified that the atoms match &quot;chain A and chain B&quot;, which is impossible.  You probably want this:</div><div style><br></div><div style>
(chain A or chain B) and not (....)</div>
<div style><br></div><div style>-Nat</div></div></div></div>