<div dir="ltr"><div><div><div><div>So I was running autobuild on the command line with:<br><br></div>phenix.autobuild data=data.mtz model=model.pdb rebuild_in_place=False acceptable_r=0.2<br><br></div>I have a model from another data set that is missing some loops and new data sets which I would like to use autobuild to see if the model can be extended.<br>
<br></div>I am using 1.8.4-1496 on a mac with osx 10.6.8.  I was an idiot and when looking in the directory to check out one of the RUN_FILE_#.log files, I accidentally clicked on the RUN_FILE executable which started another AutoBuild subprocess.  Since then all the other subprocesses had finished, but overall run stalled at:<br>
<br>Splitting work into 4 jobs and running with 1 processors using sh <br>background=False in ./AutoBuild_run_6_/TEMP0<br>Final job will be run with sh  with background=True<br>Starting job 1...Log will be: ./AutoBuild_run_6_/TEMP0/RUN_FILE_8.log<br>
Starting job 2...Log will be: ./AutoBuild_run_6_/TEMP0/RUN_FILE_9.log<br>Starting job 3...Log will be: ./AutoBuild_run_6_/TEMP0/RUN_FILE_10.log<br>Starting job 4...Log will be:  ./AutoBuild_run_6_/TEMP0/RUN_FILE_11.log<br>
<br></div>And the combine and extend didn&#39;t happen.  I saw a post about combining models from autobuild but it was for rebuild_in_place=True and the post mentioned that the models needed to have identical sequences for it to work.  Is there a way to save my mistake without starting over?  <br>
<div><div><br></div><div>The run I had restarted had yielded Rs=999.9 so If there is a way to maybe combine just 3 of the 4 that may be helpful as well. <br><br></div><div>Thanks,<br></div><div>Heather Condurso<br></div><div>
<a href="mailto:condurso@bc.edu">condurso@bc.edu</a><br></div></div></div>