<html dir="ltr">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" id="owaParaStyle"></style>
</head>
<body fpstyle="1" ocsi="0">
<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">
<div>Hi Heather,</div>
<div><br>
</div>
<div>If you run a file like RUN_FILE_3.sh a second time, it will start a new clean sub-process...but then it will overwrite the file INFO_FILE_3 with the information from this second run. &nbsp; AutoBuild uses the INFO_FILE_# files to figure out where the results
 are from the sub-processes. &nbsp;In principle this should have worked (AutoBuild should have waited for your extra run to finish, should have combined the results from this extra run with the results from the 3 normal sub-processes, and ignored the 4th normal
 sub-process). I am guessing that perhaps you stopped your extra run (that would have been a pretty natural thing to do), and then AutoBuild was waiting for your stopped run to finish.</div>
<div><br>
</div>
<div>So yes, you can try recombining the models you got so far. &nbsp;I'm puzzled by the R-values of 999.9 thought, as that usually means that refinement failed for some reason.</div>
<div><br>
</div>
<div>Try running a command like this:</div>
<div><br>
</div>
<div>phenix.combine_models mtz_in=AutoBuild_run_6_/TEMP0/resolve_work.mtz \</div>
<div>&nbsp; pdb_in=AutoBuild_run_6_/TEMP0/AutoBuild_run_8_/overall_best.pdb \</div>
<div>&nbsp; second_pdb_in=AutoBuild_run_6_/TEMP0/AutoBuild_run_9_/overall_best.pdb &nbsp;\</div>
<div>&nbsp; pdb_out=combine_8_9.pdb</div>
<div><br>
</div>
<div>which will take the best parts of these two models and put them together in one model (if you are lucky). &nbsp;Then take the resulting combine_8_9.pdb and do it again with second_pdb_in as run_10...etc.</div>
<div><br>
</div>
<div>You can use whatever map file is the best one you have for this.</div>
<div><br>
</div>
<div>You can also try combining the models by running autobuild:</div>
<div><br>
</div>
<div>phenix.autobuild data=data.mtz model=model.pdb rebuild_in_place=False acceptable_r=0.2 &nbsp;consider_main_chain_list=&quot;AutoBuild_run_6_/TEMP0/AutoBuild_run_8_/overall_best.pdb &nbsp;AutoBuild_run_6_/TEMP0/AutoBuild_run_9_/overall_best.pdb AutoBuild_run_6_/TEMP0/AutoBuild_run_10_/overall_best.pdb
 AutoBuild_run_6_/TEMP0/AutoBuild_run_11_/overall_best.pdb&quot;</div>
<div><br>
</div>
<div>which should use all those models as information for model-building.</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>The combine models keyword in autobuild is better suited for a rebuild_in_place run so that is not so appropriate.</div>
<div>I'm not too optimistic however given the R values...</div>
<div><br>
</div>
<div>All the best,</div>
<div>Tom T</div>
<div><br>
</div>
<div style="font-family: Times New Roman; color: #000000; font-size: 16px">
<hr tabindex="-1">
<div id="divRpF63698" style="direction: ltr; "><font face="Tahoma" size="2" color="#000000"><b>From:</b> phenixbb-bounces@phenix-online.org [phenixbb-bounces@phenix-online.org] on behalf of Heather L Condurso [condurso@bc.edu]<br>
<b>Sent:</b> Wednesday, October 23, 2013 8:11 AM<br>
<b>To:</b> PHENIX user mailing list<br>
<b>Subject:</b> [phenixbb] autobuild mistake<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div>
<div>
<div>So I was running autobuild on the command line with:<br>
<br>
</div>
phenix.autobuild data=data.mtz model=model.pdb rebuild_in_place=False acceptable_r=0.2<br>
<br>
</div>
I have a model from another data set that is missing some loops and new data sets which I would like to use autobuild to see if the model can be extended.<br>
<br>
</div>
I am using 1.8.4-1496 on a mac with osx 10.6.8.&nbsp; I was an idiot and when looking in the directory to check out one of the RUN_FILE_#.log files, I accidentally clicked on the RUN_FILE executable which started another AutoBuild subprocess.&nbsp; Since then all the
 other subprocesses had finished, but overall run stalled at:<br>
<br>
Splitting work into 4 jobs and running with 1 processors using sh <br>
background=False in ./AutoBuild_run_6_/TEMP0<br>
Final job will be run with sh&nbsp; with background=True<br>
Starting job 1...Log will be: ./AutoBuild_run_6_/TEMP0/RUN_FILE_8.log<br>
Starting job 2...Log will be: ./AutoBuild_run_6_/TEMP0/RUN_FILE_9.log<br>
Starting job 3...Log will be: ./AutoBuild_run_6_/TEMP0/RUN_FILE_10.log<br>
Starting job 4...Log will be:&nbsp; ./AutoBuild_run_6_/TEMP0/RUN_FILE_11.log<br>
<br>
</div>
And the combine and extend didn't happen.&nbsp; I saw a post about combining models from autobuild but it was for rebuild_in_place=True and the post mentioned that the models needed to have identical sequences for it to work.&nbsp; Is there a way to save my mistake without
 starting over?&nbsp; <br>
<div>
<div><br>
</div>
<div>The run I had restarted had yielded Rs=999.9 so If there is a way to maybe combine just 3 of the 4 that may be helpful as well.
<br>
<br>
</div>
<div>Thanks,<br>
</div>
<div>Heather Condurso<br>
</div>
<div><a href="mailto:condurso@bc.edu" target="_blank">condurso@bc.edu</a><br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>