<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Wei,<div>have you considered modeling two conformations of your ligand in the four sites ?</div><div>Jürgen</div><div><br><div><div>On Oct 24, 2013, at 10:19 PM, Wei Shi wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div dir="ltr"><div>Hi all, <br>I am working on a structure of protein-ligand complex. Four ligands 
are placed for the dimer protein and the density for the two ligands of the first
 monomer is better than the density for the other two ligands of the 
second monomer. Ligand is moved to fit density better in Coot (and for 
two ligands of the first monomer, they fits the density almost 
perfectly), but after a refinement in phenix (default settings + NCS restraints + Secondary structural restraints + Optimize X-ray/stereochemistry weight +Optimize X-ray/ADP weight), some part of the ligand which fits density good before moved out of the density again...Besides, it always shows green density in Coot 
for the ligand region even in places where the ligand is in 
density... <br>Any suggestions or ideas about how to fit the ligand better 
and why the density for ligands of the second monomer is worse than that for 
the first monomer and why the ligands would move out of density after 
refinement? <br>Is it because the protein model is not good enough to get 
the ligand density good? There is a conformational change upon ligand binding, and I rebuilt some
 part of the protein manually, and the density for a region of about 30 
residues is not very good, and I tried to mutate those to alanies and 
refine, but it didn't help me see the density better...<br></div><div>Any suggestions or ideas on how to improve this protein-complex structural model?&nbsp; Thank you so much! <br>
</div>The statistics for the current best model is as follows, and the resolution of the dataset is 2.8<span>Å. </span><br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; start&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; final<br>&nbsp; ------------------------------<div>----------------<br>

&nbsp; R-work:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3359&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2993<br>&nbsp; R-free:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; 0.3619&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3558<br>&nbsp; RMS(angles):&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.03&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.55<br>&nbsp; RMS(bonds):&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.006&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.007<br><br>MolProbity validation<br>Ramachandran outliers:&nbsp;&nbsp; 4.7% (Goal: &lt; 0.2%)<br>

Ramachandran favored:&nbsp; 85.3% (Goal: &gt; 98%)<br>Rotamer outliers:&nbsp;&nbsp; 4.5% (Goal: 1%)<br>C-beta outliers:&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp; (Goal: 0)<br>Clashscore:&nbsp;&nbsp; 7.43<br>Overall score:&nbsp;&nbsp; 2.56<br><br></div><div>Thank you so much!<br><br>Best,<br>
Wei <br></div></div>
_______________________________________________<br>phenixbb mailing list<br><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb<br></blockquote></div><br><div apple-content-edited="true">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Palatino; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Palatino; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">......................<br>Jürgen Bosch<br>Johns Hopkins University<br>Bloomberg School of Public Health<br>Department of Biochemistry &amp; Molecular Biology<br>Johns Hopkins Malaria Research Institute<br>615 North Wolfe Street, W8708<br>Baltimore, MD 21205<br>Office: +1-410-614-4742<br>Lab: &nbsp; &nbsp; &nbsp;+1-410-614-4894<br>Fax: &nbsp; &nbsp; &nbsp;+1-410-955-2926<br><a href="http://lupo.jhsph.edu">http://lupo.jhsph.edu</a></div><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><br><br><br></div></span></span>
</div>
<br></div></body></html>