<div dir="ltr">Nat is correct, torsion dynamics at present can only be run on the entire structure. He&#39;s also correct that using a selection won&#39;t speed up the process, I meant to mention that in my original message, so thanks for clarifying.<div>

<br></div><div>Jeff</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Oct 25, 2013 at 10:21 AM, Nathaniel Echols <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:nechols@lbl.gov" target="_blank">nechols@lbl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="im">On Fri, Oct 25, 2013 at 7:04 AM, Jeff Headd <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jjheadd@lbl.gov" target="_blank">jjheadd@lbl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br>

</div><div class="gmail_quote"><div class="im"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">


<div dir="ltr"><div>In theory you should be able to run DEN on a selection, but in my own simple test this did not work. I&#39;ll see if there is a bug that can be fixed.</div></div></blockquote><div><br></div></div><div>


I may be mistaken, but I think the torsion dynamics can only be run on the entire structure - there is an atom selection parameter for it in phenix.refine, but this doesn&#39;t actually do anything.</div><div><br></div>
<div>It wouldn&#39;t make the program faster anyway, because it&#39;s refining against reciprocal space data, and the FFT is the main bottleneck. �It would be interesting to try doing this in real space, though.</div><div>



<br></div><div>-Nat</div></div></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>