<div dir="ltr"><div>Thank you guys for the suggestions! <br>For Dr <span name="Bosch, Juergen" class="">Bosch&#39;s question, </span>every monomer binds two ligands, and the first binding site is different from the second binding site. The ligand is placed differently for the two binding sites for each monomer, but for the symmetrical sites in the dimer protein, the ligand is placed in the same conformation, even though the density of the ligand in the second monomer is not good enough to place the ligand. <br>
</div>Thank you so much!<br><br>Best,<br>Wei <br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Oct 24, 2013 at 10:31 PM, Bosch, Juergen <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jubosch@jhsph.edu" target="_blank">jubosch@jhsph.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hi Wei,<div>have you considered modeling two conformations of your ligand in the four sites ?</div>
<div>Jürgen</div><div><br><div><div><div class="h5"><div>On Oct 24, 2013, at 10:19 PM, Wei Shi wrote:</div><br></div></div><blockquote type="cite"><div><div class="h5"><div dir="ltr"><div>Hi all, <br>I am working on a structure of protein-ligand complex. Four ligands 
are placed for the dimer protein and the density for the two ligands of the first
 monomer is better than the density for the other two ligands of the 
second monomer. Ligand is moved to fit density better in Coot (and for 
two ligands of the first monomer, they fits the density almost 
perfectly), but after a refinement in phenix (default settings + NCS restraints + Secondary structural restraints + Optimize X-ray/stereochemistry weight +Optimize X-ray/ADP weight), some part of the ligand which fits density good before moved out of the density again...Besides, it always shows green density in Coot 
for the ligand region even in places where the ligand is in 
density... <br>Any suggestions or ideas about how to fit the ligand better 
and why the density for ligands of the second monomer is worse than that for 
the first monomer and why the ligands would move out of density after 
refinement? <br>Is it because the protein model is not good enough to get 
the ligand density good? There is a conformational change upon ligand binding, and I rebuilt some
 part of the protein manually, and the density for a region of about 30 
residues is not very good, and I tried to mutate those to alanies and 
refine, but it didn&#39;t help me see the density better...<br></div><div>Any suggestions or ideas on how to improve this protein-complex structural model?  Thank you so much! <br>
</div>The statistics for the current best model is as follows, and the resolution of the dataset is 2.8<span>Å. </span><br><br>                           start         final<br>  ------------------------------<div>----------------<br>


  R-work:           0.3359        0.2993<br>  R-free:             0.3619        0.3558<br>  RMS(angles):     1.03           1.55<br>  RMS(bonds):    0.006          0.007<br><br>MolProbity validation<br>Ramachandran outliers:   4.7% (Goal: &lt; 0.2%)<br>


Ramachandran favored:  85.3% (Goal: &gt; 98%)<br>Rotamer outliers:   4.5% (Goal: 1%)<br>C-beta outliers:   0    (Goal: 0)<br>Clashscore:   7.43<br>Overall score:   2.56<br><br></div><div>Thank you so much!<br><br>Best,<br>

Wei <br></div></div></div></div>
_______________________________________________<br>phenixbb mailing list<br><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br><a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
</blockquote></div><br><div>
<span style="text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-variant:normal;text-align:-webkit-auto;font-style:normal;font-weight:normal;line-height:normal;border-collapse:separate;text-transform:none;font-size:medium;white-space:normal;font-family:Palatino;word-spacing:0px"><span style="text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-variant:normal;text-align:-webkit-auto;font-style:normal;font-weight:normal;line-height:normal;border-collapse:separate;text-transform:none;font-size:medium;white-space:normal;font-family:Palatino;word-spacing:0px"><div style="word-wrap:break-word">
......................<br>Jürgen Bosch<br>Johns Hopkins University<br>Bloomberg School of Public Health<br>Department of Biochemistry &amp; Molecular Biology<br>Johns Hopkins Malaria Research Institute<br>615 North Wolfe Street, W8708<br>
Baltimore, MD 21205<br>Office: <a href="tel:%2B1-410-614-4742" value="+14106144742" target="_blank">+1-410-614-4742</a><br>Lab:      <a href="tel:%2B1-410-614-4894" value="+14106144894" target="_blank">+1-410-614-4894</a><br>
Fax:      <a href="tel:%2B1-410-955-2926" value="+14109552926" target="_blank">+1-410-955-2926</a><br><a href="http://lupo.jhsph.edu" target="_blank">http://lupo.jhsph.edu</a></div><div style="word-wrap:break-word"><br><br>
<br></div></span></span>
</div>
<br></div></div><br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>