<html>
  <head>

    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=ISO-8859-15">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    Dear all,<br>
    <br>
    I'm trying to get rosetta_refine working on ubuntu 12.04 LTS.<br>
    <br>
    This was the (latest) way I tried it:<br>
    <br>
    1) Downloaded phenix-dev-1523 binary &amp; installed it via
    installer in /usr/local/science/phenix4rosetta/phenix-dev-1523<br>
    2) Downloaded rosetta 2031wk42 and extracted it in
    /usr/local/science/phenix4rosetta/rosetta_2013wk42_bundle<br>
    3) Inserted into phenix_env.sh<br>
    <font face="Courier New, Courier, monospace">export
ROSETTA_BIN=/usr/local/science/phenix4rosetta/rosetta_2013wk42_bundle/main/source/bin<br>
      export
PHENIX_ROSETTA_PATH=/usr/local/science/phenix4rosetta/rosetta_2013wk42_bundle/<br>
      export
ROSETTA_BIN=/usr/local/science/phenix4rosetta/rosetta_2013wk42_bundle/main/database<br>
    </font>4) sources phenix_env.sh<br>
    5) build the interface via<br>
    <font face="Courier New, Courier, monospace">rosetta.build_phenix_interface
      nproc=4</font><br>
    6) exceute the refinement via phenix.rosetta_refine phasermodel.pdb
    data.mtz nproc=4<br>
    <br>
    The programm runs fine, up to the point where it should generate
    models via rosetta, it then stops and crashes.<br>
    I have attached some logfiles<br>
    <br>
    Has anyone managed to run rosetta_refine on Ubuntu? Which phenix and
    rosetta versions did you use? Ist there anything wrong on my above
    mentioned build protocol?<br>
    <br>
    I'm thankful for any help.<br>
    <br>
    Regards,<br>
    Jan Gebauer<br>
    <br>
    <br>
    <br>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Dr. Jan Gebauer
AG Prof. Baumann
Institut für Biochemie / Uni-Köln
Otto-Fischer-Str. 12-14 / 50674 Köln
Fon: +49 (221) 470 3212        
Fax: +49 (221) 470 5066

<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://px.uni-koeln.de/">http://px.uni-koeln.de/</a></pre>
  </body>
</html>