<div dir="ltr">Rebecca<div><br></div><div>Sorry for the delay in responding.</div><div><br></div><div>The reason I removed the ability to work with metal clusters is that the 3D geometry generation is extremely complicated. You can still generate restraints if you have the cartesian coordinates. The simplest way to do this is using the Chemical Components.</div>

<div><br></div><div>phenix.elbow --chemical-component=TBR --final-geometry=TBR</div><div><br></div><div>I have attached the results.</div><div><br></div><div>Clearly I need to adjust the behaviour slightly so you can move forward quickly.</div>

<div><br></div><div>Cheers</div><div><br></div><div>Nigel</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Nov 5, 2013 at 9:28 AM, Anshul Bhardwaj <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Anshul.Bhardwaj@jefferson.edu" target="_blank">Anshul.Bhardwaj@jefferson.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div style="font-family:Tahoma,sans-serif;font-size:13px">
<div style="direction:ltr;font-size:10pt;font-family:Tahoma">Hello Rebecca,<br>
I was able to generate restraints for hexatantalum dodecabromide (TBR) on older PHENIX version 1.7.3-928. Attached is the .cif file.<br>
Nonetheless, I agree phenix.elbow run for ligand TBR in latest PHENIX version 1.8.4-1496 fails with error on linux (Ubuntu 12.04 64bit);<br>
PHENIX error: &quot;eLBOW not suitable for metal clusters&quot;<br>
<br>
Anshul<br>
<div><br>
<div style="font-family:Tahoma;font-size:13px">
<div style="font-family:Tahoma;font-size:13px">
<div style="font-family:Tahoma;font-size:13px"><font color="black" face="Tahoma"><span dir="ltr" style="font-size:10pt"><font face="Arial">Anshul Bhardwaj, Ph.D.<br>
Faculty, Department of Biochemistry and Molecular Biology <br>
Manager, Kimmel Cancer Center X-ray Crystallography and Molecular Interactions<br>
Thomas Jefferson University<br>
233 South 10th Street, BLSB suite 822 <br>
Philadelphia, PA 19107<br>
Tel: <a href="tel:%28215%29%20503-4587" value="+12155034587" target="_blank">(215) 503-4587</a><br>
<a href="mailto:anshul.bhardwaj@jefferson.edu" target="_blank">anshul.bhardwaj@jefferson.edu</a><br>
<a href="http://www.jefferson.edu/jmc/departments/biochemistry/faculty-staff/faculty/bhardwaj.html" target="_blank">http://www.jefferson.edu/jmc/departments/biochemistry/faculty-staff/faculty/bhardwaj.html</a>
<br>
<a href="http://www.kimmelcancercenter.org/kcc/kccnew/research/resources/xray/index.htm" target="_blank">http://www.kimmelcancercenter.org/kcc/kccnew/research/resources/xray/index.htm</a></font><br>
</span></font></div>
</div>
</div>
</div>
<div style="font-size:16px;font-family:Times New Roman">
<hr>
<div style="direction:ltr"><font color="#000000" face="Tahoma"><b>From:</b> <a href="mailto:phenixbb-bounces@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-bounces@phenix-online.org</a> [<a href="mailto:phenixbb-bounces@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-bounces@phenix-online.org</a>] on behalf of Rebecca Oot [<a href="mailto:ootr@upstate.edu" target="_blank">ootr@upstate.edu</a>]<br>


<b>Sent:</b> Monday, November 04, 2013 10:18 PM<br>
<b>To:</b> <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<b>Subject:</b> [phenixbb] Restraints generation for TaBr<br>
</font><br>
</div><div><div class="h5">
<div></div>
<div>Hello all,<br>
<br>
I am trying to create a restraints file for hexatantlum dodecabromide (TaBr or TBR) and using Elbow, I get an error message saying that the program does not deal with heavy atom clusters. Does anyone have any advice on which program would be suitable to use?<br>


<br>
Thanks very much in advance<br>
<br>
Rebecca </div>
</div></div></div>
</div>
<table width="650px" cellpadding="15" bgcolor="#e5ecf2" style="border:1px solid #8f9193">
<tbody>
<tr>
<td>
<p style="font-size:8pt;line-height:10pt;color:#475054;font-family:&#39;Cambria&#39;,&#39;times roman&#39;,serif">
The information contained in this transmission contains privileged and confidential information. It is intended only for the use of the person named above. If you are not the intended recipient, you are hereby notified that any review, dissemination, distribution
 or duplication of this communication is strictly prohibited. If you are not the intended recipient, please contact the sender by reply email and destroy all copies of the original message.
<br>
<br>
<strong><u>CAUTION</u></strong>: Intended recipients should NOT use email communication for emergent or urgent health care matters.<br>
</p>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Nigel W. Moriarty<br>Building 64R0246B, Physical Biosciences Division<br>Lawrence Berkeley National Laboratory<br>Berkeley, CA 94720-8235<br>Phone : 510-486-5709� �� Email : NWMoriarty@LBL.gov<br>

Fax�� : 510-486-5909� � �� Web� : <a href="http://CCI.LBL.gov">CCI.LBL.gov</a>
</div>