<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"><head><META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii"><meta name=Generator content="Microsoft Word 14 (filtered medium)"><style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]--></head><body lang=EN-US link=blue vlink=purple><div class=WordSection1><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>That is true although I think even when I changed the HETATM tag to ATOM and went through Phaser it still changed the unknown ligands back to HETATM and dropped the occupancy to 0.00. I could be wrong on this. Either way it&#8217;s not a big issue to edit the PDB directly or even in Coot under edit&gt;residue info and set everything back to 1.00 before starting refinement.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Ryan<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> phenixbb-bounces@phenix-online.org [mailto:phenixbb-bounces@phenix-online.org] <b>On Behalf Of </b>Nathaniel Echols<br><b>Sent:</b> Tuesday, November 05, 2013 7:55 AM<br><b>To:</b> PHENIX user mailing list<br><b>Subject:</b> Re: [phenixbb] Green density for ligands in places where the ligand is in density<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p><div><div><p class=MsoNormal>On Tue, Nov 5, 2013 at 7:46 AM, Ryan Spencer &lt;<a href="mailto:rspencer@uci.edu" target="_blank">rspencer@uci.edu</a>&gt; wrote:<o:p></o:p></p><div><blockquote style='border:none;border-left:solid #CCCCCC 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0in'><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; The pdb of the ligand probably had an occupancy of 0.00 when you brought it into Coot. The easiest way to handle it is to just change all the occupancies of the ligand back to 1.00 in the pdb. If the ligand has partial occupancy then phenix might be dropping it down to 0.00 if you have the &#8216;refine occupancies&#8217; box checked. I&#8217;ve seen this before when doing MR with ligands that phenix does not recognize without the corresponding .cif.</span><o:p></o:p></p></div></blockquote><div><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>That actually has nothing to do with the CIF - by default Phaser will set the occupancy to zero for anything labeled as a heteroatom (i.e. HETATM lines in a PDB file), which the exception of some non-standard or modified amino acids such as MSE. &nbsp;It's not clear if that's what's happening in Wei's case; I'm pretty sure eLBOW doesn't normally output ligands with an occupancy of zero.<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>-Nat<o:p></o:p></p></div></div></div></div></div></body></html>