<div dir="ltr"><div dir="ltr">Hi guys,<br>I am working with a protein-ligand complex 
structure. I generated the ligand pdb and cif with Phenix.eLBOW. Then, I
 fit the ligand to density (green or continuous blue denisty) in Coot. 
Then, I did a refinement of the protein-ligand complex model in Phenix. I
 opened the refinement results in Coot, I don&#39;t know why in some places 
where the ligand is in 
density, it 
always shows green density in Coot... And, from the pdb file, the 
occupancy for all ligands are 0? Do any of you happens to 
know whether this is unusual and what might go wrong? Thank you so much!
 <br><br>Best,<br>Wei </div></div>