<div dir="ltr"><div>Hi all, <br>

I am trying to solve a protein-ligand complex structure. The resolution 
of the data is 2.8Ĺ. The molecular replacement solution is found in 
space group P21 21 21.  The current best model: <br>

<br>

                                start         final<br>

  ------------------------------------------------<br>

  R-work:               0.2836        0.2484<br>

  R-free:                0.3236        0.3066<br>

  RMS(angles):     0.60            0.63<br>

  RMS(bonds):      0.002          0.002<br>

<br>

==============MolProbity validation ==============<br>

<br>

                 Ramachandran outliers:   2.4% (Goal: &lt; 0.2%)<br>

                  Ramachandran favored:  89.2% (Goal: &gt; 98%)<br>

                      Rotamer outliers:   4.7% (Goal: 1%)<br>

                       C-beta outliers:   0    (Goal: 0)<br>

                            Clashscore:  10.89<br>

                           Overall score:   2.64<br>

<br>

Four ligands are placed for every dimer of the protein. And we are not 
sure whether we put the ligands right, since first it&#39;s thought that 
only two ligands bind every dimer of the protein. <br>

<br>

</div>
<div>I created a SA omit map (composite). The density for the most of 
the N-terminal DNA binding domain is very bad, and the density for 
C-terminal ligand binding domain is much better. And, I could see 
density for all 4 ligands. Does this necessarily mean
that the model for the N-terminal DNA binding domain is not right or 
should I try other types of omit map (simple, refined or iterative 
building)? Also, I am wondering what&#39;s the difference between different 
types of omit map (simple, refined, iterative building)
and whether it&#39;s the most reliable method to tell whether the structure 
model is right. <br>

<br>

So, I am not sure whether the structure model I have is correct. It&#39;s 
suspected that the molecular solution is in the wrong space group or the
 data is twinned and only two ligands bind every dimer of the 
protein......But, I am not sure what I should check or
what to do to improve the model. Thank you so much!<br>

<br>

Best,<br>

Wei </div></div>