<div dir="ltr">On Thu, Nov 7, 2013 at 12:57 PM, Pavel Afonine <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pafonine@lbl.gov" target="_blank">pafonine@lbl.gov</a>&gt;</span> wrote:<div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">


Depending which kind of differences you mean (magnitude). Ideally, R-factors should be identical. If it&#39;s like 0.1856 vs 0.1858, then it&#39;s fine, if larger then some of us here need to investigate what&#39;s going on.<br>

</blockquote><div><br></div><div>Agreed, since the Table 1 program is using phenix.model_vs_data internally, which was designed to reproduce the R-factors from phenix.refine, any major discrepancy is cause for concern.  We have seen a handful of cases where they deviate significantly, but it&#39;s been very difficult to isolate the cause, so data is always helpful.  (Of course this doesn&#39;t rule out the possibility that there&#39;s simply a bug in my code somewhere, but I don&#39;t think the program is doing anything fancy.)</div>

<div><br></div><div>-Nat</div></div></div></div>