<html><head><base href="x-msg://25/"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">looks like your heavy atoms belong to a crystallographic symmetry-related molecule (or several). The program used to find the heavy atom sites does not necessarily make them coincide with where the automatic building program finally builds the crystallographic model.<div>Use the Draw =&gt; Symmetry commands in coot to make them coincide.</div><div>Or, which is a very useful geometric exercise, let some of the symmetry operators belonging to your spacegroup (plus whole cell translations if necessary) loose on the heavy atom coordinates until you can make them coincide.</div><div><br><div><div>On 2 Dec 2013, at 20:56, Egor Tchesnokov wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div lang="EN-NZ" link="blue" vlink="purple"><div class="WordSection1" style="page: WordSection1; "><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span lang="EN-US">Hello,<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span lang="EN-US">Level: beginner<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-left: 36pt; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; text-indent: -18pt; "><span lang="EN-US"><span>1.<span style="font: normal normal normal 7pt/normal 'Times New Roman'; ">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span></span></span><span lang="EN-US">Data collected at wavelength of 0.9537<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-left: 36pt; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; text-indent: -18pt; "><span lang="EN-US"><span>2.<span style="font: normal normal normal 7pt/normal 'Times New Roman'; ">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span></span></span><span lang="EN-US">Ran Xtriage: anomalous data seem to extend to 2.2 A<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-left: 36pt; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; text-indent: -18pt; "><span lang="EN-US"><span>3.<span style="font: normal normal normal 7pt/normal 'Times New Roman'; ">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span></span></span><span lang="EN-US">Ran Phaser-MR to get partial model (1 copy in AU)<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-left: 36pt; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; text-indent: -18pt; "><span lang="EN-US"><span>4.<span style="font: normal normal normal 7pt/normal 'Times New Roman'; ">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span></span></span><span lang="EN-US">Ran AutoSol using partial model and anomalous data<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span lang="EN-US">AutoSol finds heavy atom sites (FOM=0.69; Overall score=75.6+/-3.3).<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span lang="EN-US">Coot displays model/density without heavy atoms<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span lang="EN-US">Heavy atoms are displayed outside the model (using zoom out).<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span lang="EN-US">Question: what did I do wrong?<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span lang="EN-US">Thank you for your time and help.<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span lang="EN-US">Egor<o:p></o:p></span></div></div><span>&lt;AutoSolHeavy atom sitesoutside the model.docx&gt;</span>_______________________________________________<br>phenixbb mailing list<br><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" style="color: blue; text-decoration: underline; ">phenixbb@phenix-online.org</a><br><a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br></div></span></blockquote></div><br></div></body></html>