<div dir="ltr"><div><div>Hi all,<br><br></div>I am still having issues with Autobuild giving errors during the combine step.  I&#39;ve downloaded the latest build and hope that will solve the problem, but in the mean time I&#39;m having an issue trying to combine the models.  <br>
<br></div>I&#39;ve been following the script:<br><br><pre style>#!/bin/csh -f
#COMBINE_MODELS SCRIPT

if (-d PDS || -d AutoBuild_run_1_) then
 echo &quot;Please run in a directory without PDS or AutoBuild_run_1_&quot;
 exit 1
endif

echo &quot;Setting up combine models with a dummy run. NOTE:
multiple_models_group_number must be correct&quot;

phenix.autobuild fobs.mtz multiple_models=true seq_file=seq.dat
combine_only=true multiple_models_group_number=2
multiple_models_number=1 &gt; dummy_autobuild.log

echo &quot;Copying files to AutoBuild_run_1_/MULTIPLE_MODELS&quot;
mkdir AutoBuild_run_1_/MULTIPLE_MODELS
cp coords1.pdb AutoBuild_run_1_/MULTIPLE_MODELS/initial_model.pdb_1_1 
cp coords2.pdb AutoBuild_run_1_/MULTIPLE_MODELS/initial_model.pdb_1_2 
cp map_coeffs_1.mtz AutoBuild_run_1_/MULTIPLE_MODELS/initial_model.mtz_1_1
cp map_coeffs_2.mtz AutoBuild_run_1_/MULTIPLE_MODELS/initial_model.mtz_1_2

ls AutoBuild_run_1_/MULTIPLE_MODELS/

echo &quot;Running autobuild to combine files in
AutoBuild_run_1_/MULTIPLE_MODELS&quot;

phenix.autobuild combine_only=true seq_file=seq.dat carry_on=true run=1 &gt; autobuild_combine.log

# END OF COMBINE_MODELS SCRIPT #<br><br></pre><pre style>Here are the two log files.  I used the expl_fobs_phases_freeR_flags.mtz as fobs.mtz and changed each overall_best.pdb and overall_best_refine_map_coeffs.mtz as the model and map to combine. <br>
<br><br></pre><pre style>Thanks,<br></pre><pre style>Heather <br></pre><br></div>