<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 12pt;
font-family:Calibri
}
--></style></head>
<body class='hmmessage'><div dir='ltr'>Hi,&nbsp;<div>I am trying to refine a structure with a cyclic peptide ligand.</div><div>I create a 'TRANS' link between the C-ter and N-ter residues of the cyclic peptide during refinement.</div><div>But there is obvious no bond formed between the two residues in the refined structure.</div><div>I checked the geo file and found that there are only angle restraints but no bond restraints between the two residues</div><div>Anyone can help me out?</div><div>Thanks in advance!</div><div><br></div><div>Wei</div><div><br></div><div><br></div><div>P.S.&nbsp;</div><div><br></div><div><div>refinement.pdb_interpretation.apply_cif_link {</div><div><br></div><div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;data_link = TRANS</div><div><br></div><div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;residue_selection_1 = chain D and resname MVA and resid 5005</div><div><br></div><div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;residue_selection_2 = chain D and resname ARG and resid 5001</div><div><br></div><div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;}</div></div>                                               </div></body>
</html>