<div dir="ltr">Thanks- now, of course, I get a new error after it gets started. Any help would be great.<div><br></div><div><div>[mcdbx-horowsah:120813/1to8p4122fromqinping/phenix_refine] horowsah% phenix.rosetta_refine zn-ref2_noalt2.pdb 1to8p4122znfromqingping_refine_data.mtz protocol=hires</div>


<div>Output directory:</div><div>  /Users/horowsah/Documents/Bardwell Lab Work/spy/xtalstrucs/120813/1to8p4122fromqinping/phenix_refine/rosetta_9</div><div><br></div><div>=========================== Importing data and flags ==========================</div>


<div><br></div><div><br></div><div>     ----------Scaling input intensities via French-Wilson Method----------    </div><div><br></div><div>Trying 60 bins...</div><div>Number of bins = 60</div><div>** Calculating bin mean intensity values for each intensity **</div>


<div>** Total # rejected intensities: 0 **</div><div><br></div><div>             ----------Setting up input files for Rosetta----------            </div><div><br></div><div>Warning: temporarily removing residue X  227  IMD</div>


<div>Warning: temporarily removing residue X  228  IMD</div><div>Warning: temporarily removing residue X  229  IMD</div><div>/rosetta/rosetta_2013wk49_bundle/main/source</div><div><br></div><div>                   ----------Loading model and data----------                  </div>


<div><br></div><div><br></div><div>=========================== ROSETTA X-ray refinement ==========================</div><div><br></div><div>|-starting model--------------------------------------------------------------|</div>


<div>| target_work(ml) = 5.09382  r_work = 0.2295  r_free = 0.2807                 |</div><div>|-----------------------------------------------------------------------------|</div><div><br></div><div>  Validation statistics (starting model):</div>


<div>    Ramachandran outliers =   0.00 %</div><div>                 favored  =  98.22 %</div><div>    Rotamer outliers      =   2.10 %</div><div>    C-beta deviations     =      0</div><div>    Clashscore            =   1.78</div>


<div>    Molprobity score      =   1.18</div><div><br></div><div>Generating 5 models on 1 processors...</div><div><br></div><div>DEBUG dumping error message</div><div>ERROR: Rosetta exited with status 1</div><div>stderr output:</div>


<div>ERROR: ERROR: Unused &quot;free&quot; argument specified: Lab</div><div>Traceback (most recent call last):</div><div>  File &quot;//Applications/PHENIX-1.8.4-1496/Contents/phenix-1.8.4-1496/build/mac-intel-osx-x86_64/../../phenix/phenix/command_line/rosetta_refine.py&quot;, line 330, in &lt;module&gt;</div>


<div>    run(sys.argv[1:], create_dir=True)</div><div>  File &quot;//Applications/PHENIX-1.8.4-1496/Contents/phenix-1.8.4-1496/build/mac-intel-osx-x86_64/../../phenix/phenix/command_line/rosetta_refine.py&quot;, line 327, in run</div>


<div>    create_dir=create_dir)</div><div>  File &quot;//Applications/PHENIX-1.8.4-1496/Contents/phenix-1.8.4-1496/build/mac-intel-osx-x86_64/../../phenix/phenix/command_line/rosetta_refine.py&quot;, line 127, in __init__</div>


<div>    self.run_rosetta_scripts()</div><div>  File &quot;//Applications/PHENIX-1.8.4-1496/Contents/phenix-1.8.4-1496/build/mac-intel-osx-x86_64/../../phenix/phenix/command_line/rosetta_refine.py&quot;, line 181, in run_rosetta_scripts</div>


<div>    debug=self.params.runtime.debug)</div><div>  File &quot;//Applications/PHENIX-1.8.4-1496/Contents/phenix-1.8.4-1496/phenix/phenix/rosetta/refine.py&quot;, line 307, in __init__</div><div>    self.run_jobs()</div>


<div>  File &quot;//Applications/PHENIX-1.8.4-1496/Contents/phenix-1.8.4-1496/phenix/phenix/rosetta/refine.py&quot;, line 372, in run_jobs</div><div>    check_result(result)</div><div>  File &quot;//Applications/PHENIX-1.8.4-1496/Contents/phenix-1.8.4-1496/phenix/phenix/rosetta/refine.py&quot;, line 363, in check_result</div>


<div>    raise RuntimeError(&quot;Aborted due to error in job %d.&quot; % result.job_id)</div><div>RuntimeError: Aborted due to error in job 1.</div><div><br></div></div><div>Scott</div><div class="gmail_extra"><br>
<br><div class="gmail_quote">On Thu, Dec 19, 2013 at 10:16 AM, Nathaniel Echols <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:nechols@lbl.gov" target="_blank">nechols@lbl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">


<div dir="ltr"><div>On Thu, Dec 19, 2013 at 7:08 AM, Scott Horowitz <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:horowsah@umich.edu" target="_blank">horowsah@umich.edu</a>&gt;</span> wrote:<br></div><div class="gmail_extra">
<div class="gmail_quote">

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Well, while we&#39;re on this topic, I was just starting to try phenix-rosetta on a mac, and after following the instructions online I get this error message:<div>




<br></div></div><div><div>...</div><div><div>  File &quot;//Applications/PHENIX-1.8.4-1496/Contents/phenix-1.8.4-1496/cctbx_project/cctbx/xray/structure_factors/manager.py&quot;, line 234, in __init__</div>

<div>    assert xray_structure.space_group() == miller_set.space_group()</div><div>AssertionError</div></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>Your PDB file and your data file have different space groups - usually this means that either the PDB file is missing symmetry entirely and gets treated as a P1 box, or the PDB file specifies the screw axes while the data file only specifies the point group (for instance, P212121 versus P222).  This is something we normally try to handle more automatically but the input handler for the Rosetta refinement is somewhat less flexible at the moment.  I&#39;ll fix this, but it should run okay if you ensure that the space group is unambiguously specified in both files.</div>




<div><br></div><div>-Nat</div></div></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div style="font-family:Helvetica;word-wrap:break-word"><font>Scott Horowitz, Ph.D.<br></font></div><div style="font-family:Helvetica;word-wrap:break-word">


<font>Research Associate</font></div><div style="font-family:Helvetica;word-wrap:break-word"><font>Howard Hughes Medical Institute</font></div><div style="font-family:Helvetica;word-wrap:break-word"><font><br>University of Michigan<br>


Department of Molecular, Cellular, and Developmental Biology<br>Bardwell lab<br>830 N. University Ave, Room 4007<br>Ann Arbor, MI 48109<br>phone: <a value="+17346476683" style="color:rgb(17,85,204)">734-647-6683</a><br>fax: <a value="+17346154226" style="color:rgb(17,85,204)">734-615-4226</a></font></div>


</div>
</div></div>