<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    Hello,<br>
    <br>
    if following manual does not help:<br>
    <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/documentation/refinement.htm#anch111">http://phenix-online.org/documentation/refinement.htm#anch111</a><br>
    please send me data and model files (to me directly!), indicate
    atoms in question and I will send you back working example.<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 12/31/13, 6:03 PM, YANG HAI wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:CAM=MU7Su=1_+N12QcCv5qYjU1ytW2c_Gehxj3dOqYb4GSuXYqw@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div dir="ltr">Dear Phenix Community,&nbsp;
        <div>&nbsp; I tried to model two ligands one of which has two
          conformations. In other words, the two scenarios are: 1)
          ligand X with conformation A (XA, 75% occupancy); 2) ligand X
          with conformation B (XB, 25% occupancy) plus another ligand Y.
          However, the problem is ligand Y will have steric clash with
          ligand XA. If I rename ligand X and Y to the same residue name
          then I do not know how to define the CIF file.&nbsp;</div>
        <div>&nbsp; I apologize if this question was asked before and I do
          not know how Phenix or other refinement can deal with multiple
          conformation a group of ligands.&nbsp;</div>
        <div>Thanks.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Happy new year!</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Yang Hai</div>
        <div>Christianson Lab</div>
        <div>University of Pennsylvania</div>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>