<div dir="ltr">Pavel,<div><br></div><div>For us DNA people (we clearly are a minority) I think this would be a very useful addition. Either a script or as part of the GUI would be OK</div><div><br></div><div>Cheers</div><div>
<br></div><div>Jens </div><div class="gmail_extra"><br><br>-- <br><div>+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br>Jens J. <span style="background-color:yellow">Birktoft</span></div><div><span style="background-color:rgb(255,255,204);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Director</span><span style="color:rgb(136,136,136);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"> </span><span style="background-color:rgb(255,255,204);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">of</span><span style="color:rgb(136,136,136);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"> </span><span style="background-color:rgb(255,255,204);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Crystallography</span><span style="color:rgb(136,136,136);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"> </span></div>
<div>Structural DNA Nanotechnology<br style="color:rgb(136,136,136);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">New York University</div><div>e-mail: <a href="mailto:jens.knold@gmail.com" target="_blank"><span style="background-color:yellow">jens</span>.<span style="background-color:yellow">knold</span>@gmail.com</a>; Phone: 212-749-5057<br>
very slow-mail: 350 Central Park West, Suite 9F, New York, NY 10025<br>+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++</div><div><br></div><div><br></div><div class="gmail_quote">On Mon, Jan 20, 2014 at 12:47 PM, Pavel Afonine <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pafonine@lbl.gov" target="_blank">pafonine@lbl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi Xiang,<br>
    <br>
    there is no ready-to-use tool for this right now, but I can spend a
    few moments and add one so it&#39;s available in next Phenix nightly
    build in a day or two.<br>
    <br>
    phenix.angle model.pdb selection=&quot;chain A and resseq 1:123&quot;
    selection=&quot;chain B and resseq 20:345&quot;<br>
    <br>
    The underlying procedure would do the following:<br>
      - extract two sets of coordinates of atoms corresponding to two
    provided atom selections;<br>
      - draw two optimal lines (LS fit) passing through the above sets
    of coordinates;<br>
      - compute and report angle between those two lines?<br>
    <br>
    Would this be helpful? Is it worth adding such tool?<span class=""><font color="#888888"><br>
    <br>
    Pavel</font></span><div><div class="h5"><br>
    <br>
    <div>On 1/20/14, 5:48 AM, 李翔 wrote:<br>
    </div>
    </div></div><blockquote type="cite"><div><div class="h5">
      <div dir="ltr">Hi,
        <div><br>
        </div>
        <div>I have a DNA model which is composed of two DNA duplexes. I
          want to measure the angle between the two duplexes and if
          there a way to do it in PHENIX or in other software?</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Thanks you very much for your help!</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Sincerely,</div>
        <div>Xiang<br clear="all">
          <div><br>
          </div>
          -- <br>
          Li Xiang <br>
          Department of chemistry,<br>
          Purdue University<br>
          Email:<a href="mailto:lixiang1642@gmail.com" target="_blank">lixiang1642@gmail.com</a>
        </div>
      </div>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <br>
      </div></div><div class="im"><pre>_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
</pre>
    </div></blockquote>
    <br>
  </div>

<br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div>++++<br></div>
</div></div>