<div dir="ltr">Hi Pavel,<div><br></div><div>Thanks a lot for the reply! I think it will be helpful for the guys work with DNA like me. If I remember right, in Pymol there is a way to measure the angles for alpha helices and it should very similar to calculate the angles for DNA duplexes. But there is not a way to do it. It will great if PHENIX can do the measurement like this.</div>
<div><br></div><div>Sincerely,</div><div>Xiang</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">2014/1/20 Pavel Afonine <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pafonine@lbl.gov" target="_blank">pafonine@lbl.gov</a>&gt;</span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi Xiang,<br>
    <br>
    there is no ready-to-use tool for this right now, but I can spend a
    few moments and add one so it&#39;s available in next Phenix nightly
    build in a day or two.<br>
    <br>
    phenix.angle model.pdb selection=&quot;chain A and resseq 1:123&quot;
    selection=&quot;chain B and resseq 20:345&quot;<br>
    <br>
    The underlying procedure would do the following:<br>
    &nbsp; - extract two sets of coordinates of atoms corresponding to two
    provided atom selections;<br>
    &nbsp; - draw two optimal lines (LS fit) passing through the above sets
    of coordinates;<br>
    &nbsp; - compute and report angle between those two lines?<br>
    <br>
    Would this be helpful? Is it worth adding such tool?<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
    <br>
    Pavel</font></span><div><div class="h5"><br>
    <br>
    <div>On 1/20/14, 5:48 AM, ���� wrote:<br>
    </div>
    </div></div><blockquote type="cite"><div><div class="h5">
      <div dir="ltr">Hi,
        <div><br>
        </div>
        <div>I have a DNA model which is composed of two DNA duplexes. I
          want to measure the angle between the two duplexes and if
          there a way to do it in PHENIX or in other software?</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Thanks you very much for your help!</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Sincerely,</div>
        <div>Xiang<br clear="all">
          <div><br>
          </div>
          -- <br>
          Li Xiang <br>
          Department of chemistry,<br>
          Purdue University<br>
          Email��<a href="mailto:lixiang1642@gmail.com" target="_blank">lixiang1642@gmail.com</a>
        </div>
      </div>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <br>
      </div></div><div class="im"><pre>_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
</pre>
    </div></blockquote>
    <br>
  </div>

<br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Li Xiang <br>Department of chemistry,<br>Purdue University<br>Email��<a href="mailto:lixiang1642@gmail.com">lixiang1642@gmail.com</a>
</div>