<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi Afshan,<br>
    <br>
    it not a good idea to do this for reasons explained in great details
    here:<br>
    <br>
    <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.phenix-online.org/newsletter/CCN_2012_01.pdf">http://www.phenix-online.org/newsletter/CCN_2012_01.pdf</a><br>
    see "On contribution of hydrogen atoms to X-ray scattering".<br>
    <br>
    Yes, the easiest is <br>
    <br>
    phenix.reduce -trim model_with_h.pdb &gt; model_no_h.pdb<br>
    <br>
    If you do this make sure you update refinement statistics (including
    R-factors!).<br>
    <br>
    All the best,<br>
    Pavel<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 2/6/14, 9:12 AM, Afshan Begum wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
      cite="mid:1391706749.7157.YahooMailNeo@web163806.mail.gq1.yahoo.com"
      type="cite">
      <div style="color:#000; background-color:#fff;
        font-family:HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial,
        Lucida Grande, sans-serif;font-size:10pt">
        <div><span><br>
          </span></div>
        <div>&nbsp;Dear Experts,<br>
          <br>
          Could you kindly tell me how can i remove hydrogen from my
          coordinate. Actually i refine my structure with phenix along
          all hydrogen now its almost done but before submitting the
          molecule into PDB data bank i want to remove hydrogen from the
          coordinate which i do not know how to do,&nbsp; suggestion would be
          appreciated<br>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
  </body>
</html>