<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

    Thanks Phil,<br>

    <br>

    did this:<br>

    <br>

    egrep -v '^ATOM|HETATM.*H$' m.pdb &gt; m_noH.pdb<br>

    <br>

    Result:<br>

    <br>

    in input file (m.pdb) I have:<br>

    <br>

    <small><font face="Courier New, Courier, monospace">ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; N&nbsp;&nbsp;

        GLY A&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.504&nbsp; -0.494&nbsp;&nbsp; 0.924&nbsp; 1.00&nbsp; 7.85&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

        ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; CA&nbsp; GLY A&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.272&nbsp;&nbsp; 0.589&nbsp;&nbsp; 0.277&nbsp; 1.00&nbsp;

        6.79&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

        ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; C&nbsp;&nbsp; GLY A&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.700&nbsp;&nbsp; 1.614&nbsp;&nbsp; 1.301&nbsp; 1.00&nbsp;

        5.59&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

        ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; O&nbsp;&nbsp; GLY A&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.434&nbsp;&nbsp; 1.460&nbsp;&nbsp; 2.496&nbsp; 1.00&nbsp;

        6.04&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

        ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; H1&nbsp; GLY A&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.452&nbsp; -1.280&nbsp;&nbsp; 0.308&nbsp; 1.00&nbsp;

        7.85&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

        ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; H2&nbsp; GLY A&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.959&nbsp; -0.765&nbsp;&nbsp; 1.772&nbsp; 1.00&nbsp;

        7.85&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

        ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; H3&nbsp; GLY A&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.420&nbsp; -0.171&nbsp;&nbsp; 1.131&nbsp; 1.00&nbsp;

        7.85&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

        ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; HA2 GLY A&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.157&nbsp;&nbsp; 0.171&nbsp; -0.225&nbsp; 1.00&nbsp;

        6.79&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

        ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; HA3 GLY A&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.659&nbsp;&nbsp; 1.070&nbsp; -0.499&nbsp; 1.00&nbsp;

        6.79&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

        END<br>

      </font></small><br>

    Output file (m_noH.pdb) contains only:<br>

    <br>

    END<br>

    <br>

    Pavel<br>

    <br>

    <div class="moz-cite-prefix">On 2/6/14, 12:03 PM, Phil Jeffrey

      wrote:<br>

    </div>

    <blockquote cite="mid:52F3EAA8.7030201@princeton.edu" type="cite">Of

      course, because in the shells that I use it will attempt to do

      variable name substitution in strings that are double-quoted.&nbsp; (I

      make no warranties about all possible shells).&nbsp; However if you use

      single quotes:

      <br>

      <br>

      egrep&nbsp; -v '^ATOM|HETATM.*H$' your.pdb &gt; your_noH.pdb

      <br>

      <br>

      Should work just fine in tcsh, csh at the very least.

      <br>

      <br>

      Phil

      <br>

      <br>

      On 2/6/14 2:52 PM, Pavel Afonine wrote:

      <br>

      <blockquote type="cite">Hi Tim,

        <br>

        <br>

        On 2/6/14, 10:52 AM, Tim Gruene wrote:

        <br>

        <blockquote type="cite">the simple and qucik command

          <br>

          <br>

          egrep&nbsp; -v "^ATOM|HETATM.*H$" your.pdb &gt; your_noH.pdb

          <br>

          <br>

          should also work.

          <br>

        </blockquote>

        <br>

        just out of curiosity I did (copy-paste of your example)

        <br>

        <br>

        egrep -v "^ATOM|HETATM.*H$\" m.pdb &gt; m_noH.pdb

        <br>

        <br>

        and I got:

        <br>

        <br>

        Illegal variable name.

        <br>

        <br>

        Pavel

        <br>

        <br>

        _______________________________________________

        <br>

        phenixbb mailing list

        <br>

        <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>

        <br>

        <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>

        <br>

      </blockquote>

      <br>

      _______________________________________________

      <br>

      phenixbb mailing list

      <br>

      <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>

      <br>

      <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>

      <br>

    </blockquote>

    <br>

  </body>

</html>