<div dir="ltr">On Wed, Feb 19, 2014 at 10:20 AM, Michaela Renner-Schneck <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:michaela.renner-schneck@uni-tuebingen.de" target="_blank">michaela.renner-schneck@uni-tuebingen.de</a>&gt;</span> wrote:<br>

<div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">I haven&rsquo;t been running phenix.refine for a couple of weeks and meanwhile we have updated to the latest version.<br>


Now I need to re-run an old job but unfortunately the pdb-interpretation option &quot;stop_for_unknowns=False&ldquo; which I needed for this seems to be no longer valid.<br>
Is there a way to get this option work again ?<br></blockquote><div><br></div><div>No, this was deliberately removed - it was actually a bug, since we never intended this for use in refinement (but it was added by accident). &nbsp;If you are running on the command line, you can do this to get your job to run anyway with the old parameter file:</div>

<div><br></div><div>phenix.refine params.eff --unused_ok</div><div><br></div><div>However, you will need to supply restraints for any non-standard molecules.</div><div><br></div><div>-Nat</div></div></div></div>