<div dir="ltr">Try resetting the B-factors to some suitably low value (i.e. below the minimum for the entire structure), then refining. áIf they&#39;re starting out too high, it may be difficult for the minimizer to bring them down to the true values (but going in the opposite direction is not a problem).<div>

<br></div><div>-Nat</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Feb 27, 2014 at 9:50 AM, Jan <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jan.abendroth@gmail.com" target="_blank">jan.abendroth@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hi all,<div>I am refining a pretty high resolution structure (1.65┼, <i>P</i>1) with two tetramers of the protein in the ASU using Phenix dev 1630.</div>

<div>Refinement statistics looks really good, R=0.16 Rf=0.18, maps are very clear. However, several sulphur atoms of the protein, and in particular the phosphorous atoms of its cofactor NAD have inflated B-factors, along with distinct FoFc peaks. For instance B-factors for a Met with very well defined density: CB=19.7, CG=27.5, SD=62.2, CE=38.4</div>

<div><br></div><div>For some of the residues it is comparable when I refine with or without TLS groups. I used one group per chain of this compact protein, the cofactor is part of each TLS group.áRestraints for NAD were generated via eLBOW. When I refine the structure in refmac, using either the standard cif file or the eLBOW generated one, B-factors remain low.</div>

<div><br></div><div>Any ideas? I am happy to share the data. It is a SSGCID target and will be in the PDB shortly anyway.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Jan</div><div><br></div><div><br></div><div><br><div>
<span style="border-collapse:separate;border-spacing:0px"><span style="text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-variant:normal;font-style:normal;font-weight:normal;line-height:normal;border-collapse:separate;text-transform:none;font-size:medium;white-space:normal;font-family:Helvetica;word-spacing:0px"><div style="word-wrap:break-word">

<div style="font-size:12px">--</div><div style="font-size:12px">Jan Abendroth</div><div style="font-size:12px">Emerald BioStructures</div><div style="font-size:12px">Seattle / Bainbridge Island WA, USA</div><div style="font-size:12px">

<div>home: <a href="http://Jan.Abendroth_at_gmail.com" target="_blank">Jan.Abendroth_at_gmail.com</a></div><div>work: JAbendroth_at_embios.com</div><div><a href="http://www.emeraldbiostructures.com" target="_blank">http://www.emeraldbiostructures.com</a></div>

</div></div></span></span>
</div>
<br></div></div><br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>