<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    <div class="moz-cite-prefix">Hi Todd,<br>
      <br>
      we had a similar case but&nbsp; smaller (100 x 150 x 120, 70 Se-met) .
      With phases from heavy atom clusters at 5-6 A&nbsp; I did not get the
      Se positions. However, when we used a 'crude' alpha helix model as
      input for phenix.phaser rigid body refinement with the Se-met data
      we got 90% of the Se-met sites and very good phases. My Se-met
      data were just 4 A. <br>
      Best, Guenter<br>
    </div>
    <blockquote
      cite="mid:7AD4F74B3030FE4192056FD36F9B39F804C3733A@UABEXMB3.ad.uab.edu"
      type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=ISO-8859-1">
      <style>
<!--
.hmmessage p
        {margin:0px;
        padding:0px}
body.hmmessage
        {font-size:12pt;
        font-family:Calibri}
-->
</style>
      <style id="owaParaStyle" type="text/css">
<!--
p
        {margin-top:0;
        margin-bottom:0}
-->
P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>
      <div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color:
        #000000;font-size: 10pt;">
        <div style="direction:ltr; font-family:Tahoma; color:#000000;
          font-size:10pt">Hello all-<br>
          <br>
          I am working on a huge protein assembly(monomer is ~3000 amino
          acids, large cell ~200, ~200, ~520) that has between 200 and
          300 Se-met residues in the asymmetric unit(depending on the
          number of molecules I pick in the a.u.). I believe I have low
          resolution phasing from another heavy atom with limits to ~
          6.2 angstrom. Density modified FOMs dip below 0.6 at that
          point. I can see many tubes that have the diameter of model
          alpha helices. I ran phenix.find_helices_strands with the
          helices_before_trace=True option and got a series of helices
          encompassing about 3400 residues. Assuming that the phasing on
          the low resolution derivative is true, is it better to use
          phasing from the lower resolution derivative or phasing from
          the helical models to fish out the Se-Met sites via an
          anomalous difference Fourier? I assume I'm stuck at 6.2 for
          the derivative phasing though i guess i could extend phasing
          from the map a little further. How far is too far? How high of
          resolution can I phase from the helices (or from the
          derivative map for that matter) and still get accurate enough
          phasing to yield reliable difference peaks to find the Se
          sites. I have a couple Se-met datasets between 3 and 2.5
          angstroms. What sigma levels should I expect for the
          difference peaks?
          <br>
          <br>
          also, what is the best way to pick the highest difference
          peaks in the anomalous difference fourier? I didn't see a tool
          in phenix. "find difference peaks and holes" seems like a
          logical choice but it seems to want to structure. I've just
          created maps and used the very old and reliable peakmax in
          ccp4.<br>
          <br>
          I have solved structures like this before but with a lot more
          info on ncs, envelopes, ncs averaging and a much much smaller
          protein. I remember getting sites and plugging them into
          resolve with scripts where you could fix them/or not and phase
          without looking for more sites, no build etc. Can i just enter
          sites and phase followed by density modification with one of
          the gui programs.
          <br>
          <br>
          any comments would be appreciated? and thanks in advance.<br>
          -Todd<br>
        </div>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>