<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 14 (filtered medium)">
<style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:"MS Mincho";
        panose-1:2 2 6 9 4 2 5 8 3 4;}
@font-face
        {font-family:"MS Mincho";
        panose-1:2 2 6 9 4 2 5 8 3 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:"\@MS Mincho";
        panose-1:2 2 6 9 4 2 5 8 3 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-compose;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:windowtext;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>
<body lang="EN-US" link="blue" vlink="purple">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hi all,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">What would be the best way to define the &#8220;selection&#8221; to show average B factors using phenix.pdbtools from command line?
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">I&#8217;ve tried several ways using something like...<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">phenix.pdbtools XXXXX.pdb stop_for_unknown=false model_statistics=true selections=&#8221;chain QA or chain RA&#8221;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">However, the output always contain the standard/default &#8220;ADP statistics&#8221; table only (not for the selection I specified). Yes, I&#8217;m aware of the GUI option (under other tools) and it works great. However, I&#8217;m trying to compute average b for
 9 coordinates under 4 separate categories (protein, RNA, ligands... and such), and I think it&#8217;ll be a lot easier from the command line (using some quick script, for example).<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">Any input will be appreciated!<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">&#8220;T&#8221; <o:p></o:p></p>
</div>
<br>
<hr>
<font face="Arial" color="Gray" size="1"><br>
This e-mail message (including any attachments) is for the sole use of<br>
the intended recipient(s) and may contain confidential and privileged<br>
information. If the reader of this message is not the intended<br>
recipient, you are hereby notified that any dissemination, distribution<br>
or copying of this message (including any attachments) is strictly<br>
prohibited.<br>
<br>
If you have received this message in error, please contact<br>
the sender by reply e-mail message and destroy all copies of the<br>
original message (including attachments).<br>
</font>
</body>
</html>