<div dir="ltr">There is no significant peaks for translational NCS. I also didn&#39;t see anything in the patterson map.<div><br></div><div>However, the Multivariate Z score L-test gives 6.218. Also the observed Centric reflections are more intense than they should be but I don&#39;t suspect twinning in a monoclinic space group.</div>
<div><br></div><div>-Yarrow</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Apr 17, 2014 at 4:37 PM, Paul Adams <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pdadams@lbl.gov" target="_blank">pdadams@lbl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><br><div>What does triage say about translation NCS? </div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">
<div><div class="h5">On Thu, Apr 17, 2014 at 4:25 PM, Yarrow Madrona <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:amadrona@uci.edu" target="_blank">amadrona@uci.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
</div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5"><div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I using the latest stable build of phenx.refine (1.8.4) I recently collected data, processed and obtained an MR solution using phaser. I am stuck trying to refine with an Rfree sitting at 40%</div>


<div><br></div><div>I really want to know if the high Rfree is due to poor data quality or if non-crystallographic symmetry involving a near perfect two fold rotation between the two molecules in the ASU could somehow impede refinement. Stats and other information is below. Thank you for any help you can give.</div>


<div><br></div><div>-Yarrow</div><div><br></div><div><br></div><div>Visually, the quality of the data is marginal at best (streaky/ice rings in many frames) despite good processing stats from XDS. Processing with mosflm or HKL2000 managed to index but failed pretty bad in integration and scaling.</div>


<div><br></div><div>Phaser gave high TFZ scores for 2 molecules in the asu (see below).</div><div><br></div><div>Density for a cholesterol like ligand shows up even though not present in the search model. </div><div><br>

</div>
<div>MolRep Self rotation shows rotational symmetry. </div><div><a href="https://www.dropbox.com/s/2zsajl5o091k50r/CYP142A2-032814_21_rf%20copy.pdf" target="_blank">https://www.dropbox.com/s/2zsajl5o091k50r/CYP142A2-032814_21_rf%20copy.pdf</a></div>


<div><br></div><div>The 2 molecules in the ASU are related by almost a 2 fold rotation:</div><div><br></div><div><div>Rotation matrix for chain A to chain B:</div><div><br></div><div>new_ncs_group</div><div>rota_matrix    1.0000    0.0000    0.0000</div>


<div>rota_matrix    0.0000    1.0000    0.0000</div><div>rota_matrix    0.0000    0.0000    1.0000</div><div>tran_orth     0.0000    0.0000    0.0000</div><div><br></div><div>center_orth   15.2016    0.5245   33.7070</div>


<div><br></div><div>rota_matrix   -0.9860   -0.1636   -0.0309</div><div>rota_matrix   -0.1659    0.9511    0.2605</div><div>rota_matrix   -0.0132    0.2620   -0.9650</div><div>tran_orth      34.3310  -24.0033  107.0457</div>


<div><br></div><div>center_orth   15.7607    7.2426   77.7512</div></div><div><br></div><div><div>RMSD, B onto A = 0.0007 after phaser</div><div>RMSD, B onto A = 0.347 after one round of refinement in phenix</div></div><div>


<br></div><div><br></div><div>Refinement using aniostropically corrected data (ucla web server: <a href="http://Services.mbi.ucla.edu/anisoscale" target="_blank">Services.mbi.ucla.edu/anisoscale</a>) did not improve the Rfree in refinement.<br>


</div><div><br></div><div><br></div><div>Statistics are listed below:<br></div><div><br></div><div>UNIT CELL: 51.487 88.923 89.592 90 97.15 90 P21<br></div><div><br></div><div><div>RESOLUTION     NUMBER OF REFLECTIONS    COMPLETENESS R-FACTOR  R-FACTOR COMPARED I/SIGMA   R-meas  CC(1/2)  Anomal  SigAno   Nano</div>


<div>   LIMIT     OBSERVED  UNIQUE  POSSIBLE     OF DATA   observed  expected                                      Corr</div><div><br></div><div>     5.99        8280    1927      2087       92.3%       3.1%      3.3%     8246   35.09      3.5%    99.8*    20*   0.909    1296</div>


<div>     4.30       14606    3401      3487       97.5%       3.3%      3.5%    14580   33.37      3.8%    99.9*    11*   0.843    2273</div><div>     3.53       17961    4244      4445       95.5%       3.8%      3.9%    17944   31.11      4.4%    99.8*    -2    0.789    2721</div>


<div>     3.06       21954    5068      5221       97.1%       4.9%      5.1%    21933   24.81      5.6%    99.7*    -2    0.780    3455</div><div>     2.74       25741    5830      5933       98.3%       7.6%      7.6%    25713   18.88      8.6%    99.5*    -2    0.782    4165</div>


<div>     2.51       27859    6311      6483       97.3%      10.8%     10.8%    27824   14.06     12.3%    99.1*    -2    0.774    4385</div><div>     2.32       31336    6979      7084       98.5%      14.9%     15.3%    31296   10.49     16.8%    98.5*    -4    0.748    5095</div>


<div>     2.17       32396    7347      7567       97.1%      22.3%     22.7%    32341    7.46     25.4%    97.3*    -7    0.728    5055</div><div>     2.05       32254    7339      8047       91.2%      33.1%     33.5%    32075    5.06     37.5%    94.8*    -6    0.724    5155</div>


<div>    total      212387   48446     50354       96.2%       7.8%      7.9%   211952   16.57      8.8%    99.7*    -3    0.768   33600</div></div><div><br></div><div>Processing with mosflm or HKL2000 managed to index but failed pretty bad in integration and scaling.</div>


<div><br></div><div><br></div><div>Phaser:</div><div><br></div><div>SOLU SET RFZ=27.5 TFZ=24.2 PAK=0 LLG=1711 RF++ TFZ=64.6 PAK=0 LLG=3610 LLG=4865<br></div><div><br></div></div>
<br></div></div>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div style="color:rgb(34,34,34);font-size:12px;font-family:Helvetica">Paul Adams<br>Deputy Division Director, Physical Biosciences Division, Lawrence Berkeley Lab<br>

Division Deputy for Biosciences, Advanced Light Source, Lawrence Berkeley Lab</div><div style="color:rgb(34,34,34);font-size:12px;font-family:Helvetica">Adjunct Professor, Department of Bioengineering, U.C. Berkeley<br>
Vice President for Technology, the Joint BioEnergy Institute<br></div><div style="color:rgb(34,34,34);font-size:12px;font-family:Helvetica">Laboratory Research Manager, ENIGMA Science Focus Area<br>
<br>Building 64, Room 248<br>Tel: <a value="+15104864225" style="color:rgb(17,85,204)">1-510-486-4225</a>, Fax: <a value="+15104865909" style="color:rgb(17,85,204)">1-510-486-5909</a><br><a href="http://cci.lbl.gov/paul" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">http://cci.lbl.gov/paul</a><br>

<br>Lawrence Berkeley Laboratory<br>1 Cyclotron Road<br>BLDG 64R0121<br>Berkeley, CA 94720, USA.</div><div style="color:rgb(34,34,34);font-size:12px;font-family:Helvetica"><br></div><div style="color:rgb(34,34,34);font-size:12px;font-family:Helvetica">

Executive Assistant: Louise Benvenue [ <a href="mailto:LBenvenue@lbl.gov" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">LBenvenue@lbl.gov</a> ]<a value="+15104952506" style="color:rgb(17,85,204)">[ 1-510-495-2506</a> ]</div>


</div>
</blockquote></div><br></div>