<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 14 (filtered medium)">
<style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:Helvetica;
        panose-1:2 11 6 4 2 2 2 2 2 4;}
@font-face
        {font-family:Courier;
        panose-1:2 7 4 9 2 2 5 2 4 4;}
@font-face
        {font-family:Courier;
        panose-1:2 7 4 9 2 2 5 2 4 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
@font-face
        {font-family:Consolas;
        panose-1:2 11 6 9 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:black;}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
p
        {mso-style-priority:99;
        mso-margin-top-alt:auto;
        margin-right:0in;
        mso-margin-bottom-alt:auto;
        margin-left:0in;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:black;}
pre
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"HTML Preformatted Char";
        margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:10.0pt;
        font-family:"Courier New";
        color:black;}
span.apple-style-span
        {mso-style-name:apple-style-span;}
span.apple-converted-space
        {mso-style-name:apple-converted-space;}
span.EmailStyle20
        {mso-style-type:personal;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:windowtext;}
span.HTMLPreformattedChar
        {mso-style-name:"HTML Preformatted Char";
        mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"HTML Preformatted";
        font-family:Consolas;
        color:black;}
span.EmailStyle23
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-size:10.0pt;}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>
<body bgcolor="white" lang="EN-US" link="blue" vlink="purple">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">Thank you everyone for the input! Using the manual loading method I was able to view the new FEM map.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">Unfortunately it appears that FEM map is slightly worse than my original map and is missing density in some areas. Has anyone encountered this before?<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">Best,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">Parker <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:windowtext">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:windowtext"> phenixbb-bounces@phenix-online.org [mailto:phenixbb-bounces@phenix-online.org]
<b>On Behalf Of </b>Pavel Afonine<br>
<b>Sent:</b> Thursday, May 08, 2014 12:28 PM<br>
<b>To:</b> R.M. Garavito; phenixbb@phenix-online.org<br>
<b>Subject:</b> Re: [phenixbb] FEM mtz won't open in coot<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">Thanks Michael,<br>
<br>
correct, as discussed this morning, auto-open in Coot will not work for FEM maps, you need to load them manually. Thanks for feedback!<br>
<br>
Pavel<br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">On 5/8/14, 8:38 AM, R.M. Garavito wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<p class="MsoNormal">Pavel, <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Just to let you know, the auto-open function works fine on the FEM mtz in the Mac version. &nbsp;Makes a nice looking map which I am looking at now in the context of earlier maps.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Michael<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<div>
<div>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span class="apple-style-span"><i><span style="font-size:9.0pt;font-family:Courier">****************************************************************</span></i></span><span style="font-size:10.5pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;"><o:p></o:p></span></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span class="apple-style-span"><i><span style="font-size:9.0pt;font-family:Courier">R. Michael Garavito, Ph.D.</span></i></span><span style="font-size:10.5pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;"><o:p></o:p></span></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span class="apple-style-span"><i><span style="font-size:9.0pt;font-family:Courier">Professor of&nbsp;Biochemistry &amp; Molecular Biology</span></i></span><span style="font-size:10.5pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;"><o:p></o:p></span></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span class="apple-style-span"><i><span style="font-size:9.0pt;font-family:Courier">603 Wilson Rd., Rm. 513&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span></i></span><span style="font-size:10.5pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;"><o:p></o:p></span></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span class="apple-style-span"><i><span style="font-size:9.0pt;font-family:Courier">Michigan State University&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;</span></i></span><span style="font-size:10.5pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;"><o:p></o:p></span></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span class="apple-style-span"><i><span style="font-size:9.0pt;font-family:Courier">East Lansing, MI 48824-1319</span></i></span><span style="font-size:10.5pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;"><o:p></o:p></span></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span class="apple-style-span"><i><span style="font-size:9.0pt;font-family:Courier">Office:&nbsp;</span></i></span><span class="apple-converted-space"><i><span style="font-size:9.0pt;font-family:Courier">&nbsp;</span></i></span><span class="apple-style-span"><i><span style="font-size:9.0pt;font-family:Courier">(517)
 355-9724&nbsp; &nbsp; &nbsp;Lab:&nbsp;</span></i></span><span class="apple-converted-space"><i><span style="font-size:9.0pt;font-family:Courier">&nbsp;</span></i></span><span class="apple-style-span"><i><span style="font-size:9.0pt;font-family:Courier">(517) 353-9125</span></i></span><span style="font-size:10.5pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;"><o:p></o:p></span></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span class="apple-style-span"><i><span style="font-size:9.0pt;font-family:Courier">FAX:&nbsp;</span></i></span><span class="apple-converted-space"><i><span style="font-size:9.0pt;font-family:Courier">&nbsp;</span></i></span><span class="apple-style-span"><i><span style="font-size:9.0pt;font-family:Courier">(517)
 353-9334&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;Email:&nbsp;</span></i></span><span class="apple-converted-space"><i><span style="font-size:9.0pt;font-family:Courier">&nbsp;</span></i></span><span class="apple-style-span"><i><span style="font-size:9.0pt;font-family:Courier"><a href="mailto:garavito@msu.edu">garavito@msu.edu</a></span></i></span><span style="font-size:10.5pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;"><o:p></o:p></span></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span class="apple-style-span"><i><span style="font-size:9.0pt;font-family:Courier">****************************************************************</span></i></span><span style="font-size:10.5pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;"><br>
<br>
</span><span style="font-size:12.0pt;font-family:&quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">On May 8, 2014, at 11:13 AM, Pavel Afonine &lt;<a href="mailto:pafonine@lbl.gov">pafonine@lbl.gov</a>&gt; wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">Hi Parker,<br>
<br>
this requires loading map manually (not using auto-open, as Nat pointed out):<br>
<br>
Start Coot -&gt;<br>
File -&gt;<br>
Open MTZ, mmCIF, fcf or phs -&gt;<br>
Choose file fem.mtz or whatever you called it, hit Open -&gt;<br>
In popped menu &quot;Column Label Assignment&quot; choose:<br>
Amplitudes: FEM<br>
Phases: PHIFEM<br>
-&gt; hit OK<br>
<br>
Contouring at 1sigma is universally good. Going down to 0 should not change the appearance much.<br>
<br>
Pavel<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">On 5/8/14, 8:01 AM, de Waal, Parker wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<p class="MsoNormal">Hello Everyone,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">I&#8217;m having trouble opening the map file generated by phenix.fem in coot. Each time I try and load the .mtz file the follow error occurs &#8216;Failed to find any suitable F/phi columns in the MTZ file&#8217;.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Dumping the mtz file I can see:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Col Sort&nbsp;&nbsp;&nbsp; Min&nbsp;&nbsp;&nbsp; Max&nbsp;&nbsp;&nbsp; Num&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; %&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Mean&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Mean&nbsp;&nbsp; Resolution&nbsp;&nbsp; Type Column<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">num order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Missing complete&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; abs.&nbsp;&nbsp; Low&nbsp;&nbsp;&nbsp; High&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; label<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;&nbsp; 1 NONE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 100.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.1 114.15&nbsp;&nbsp; 3.31&nbsp;&nbsp; H&nbsp; H<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;&nbsp; 2 NONE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 100.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.8 114.15&nbsp;&nbsp; 3.31&nbsp;&nbsp; H&nbsp; K<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;&nbsp; 3 NONE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 137&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 100.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 51.4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 51.4 114.15&nbsp;&nbsp; 3.31&nbsp;&nbsp; H&nbsp; L<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;&nbsp; 4 NONE&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0 10551.1 22963&nbsp;&nbsp; 71.24&nbsp;&nbsp; 406.13&nbsp;&nbsp; 406.13&nbsp; 39.60&nbsp;&nbsp; 3.31&nbsp;&nbsp; F&nbsp; 2mFoDFc<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;&nbsp; 5 NONE -180.0&nbsp;&nbsp; 180.0 22963&nbsp;&nbsp; 71.24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.98&nbsp;&nbsp;&nbsp; 89.81&nbsp; 39.60&nbsp;&nbsp; 3.31&nbsp;&nbsp; P&nbsp; PHI2mFoDFc<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;&nbsp; 6 NONE&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.2 51589.8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 100.00&nbsp; 1602.72&nbsp; 1602.72 114.15&nbsp;&nbsp; 3.31&nbsp;&nbsp; F&nbsp; FEM<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;&nbsp; 7 NONE -180.0&nbsp;&nbsp; 180.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 100.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.32&nbsp;&nbsp;&nbsp; 89.74 114.15&nbsp;&nbsp; 3.31&nbsp;&nbsp; P&nbsp; PHIFEM<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">If someone could help me to rename these columns to a coot friendly format so that I would be greatly appreciative.
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Best,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Parker<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:&quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;"><br>
<br>
<br>
<o:p></o:p></span></p>
<pre>_______________________________________________<o:p></o:p></pre>
<pre>phenixbb mailing list<o:p></o:p></pre>
<pre><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><o:p></o:p></pre>
<pre><a href="http://scanmail.trustwave.com/?c=129&amp;d=t7Dr0wtxwUOeqd4xYqDpSfgkuCoj8ZQxnCe0qvjCOQ&amp;u=http%3a%2f%2fphenix-online%2eorg%2fmailman%2flistinfo%2fphenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><o:p></o:p></pre>
</blockquote>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:&quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:&quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;">_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://scanmail.trustwave.com/?c=129&amp;d=t7Dr0wtxwUOeqd4xYqDpSfgkuCoj8ZQxnCe0qvjCOQ&amp;u=http%3a%2f%2fphenix-online%2eorg%2fmailman%2flistinfo%2fphenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:&quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:&quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;"><br>
<br>
<br>
<o:p></o:p></span></p>
<pre>_______________________________________________<o:p></o:p></pre>
<pre>phenixbb mailing list<o:p></o:p></pre>
<pre><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><o:p></o:p></pre>
<pre><a href="http://scanmail.trustwave.com/?c=129&amp;d=t7Dr0wtxwUOeqd4xYqDpSfgkuCoj8ZQxnCe0qvjCOQ&amp;u=http%3a%2f%2fphenix-online%2eorg%2fmailman%2flistinfo%2fphenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><o:p></o:p></pre>
</blockquote>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:&quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
</body>
</html>