<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi Matteo,<br>
    <br>
    I'm sorry about the problem!<br>
    <br>
    I afraid there are only solution two solutions: 1) use a computer
    with more memory: the error below tells the program needed more
    memory than your computer has, or 2) wait for a one of upcoming
    nightly builds. <br>
    <br>
    Since the release I've already made a number of changes that should
    help free some memory: for example, I switched from 1/4. to 1/3
    gridding, which should significantly reduce the memory consumption
    (and speed up the calculations too).<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 5/14/14, 1:44 AM, Matteo Colombo
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote cite="mid:53732CF2.9090100@ibs.fr" type="cite">
      <meta http-equiv="content-type" content="text/html;
        charset=ISO-8859-1">
      Hi Pavel,<br>
      I downloaded the last released version of phenix (phenix-1.9-1692)
      and I would like to run the "feature enhanced map" command.<br>
      <br>
      However, when I run it I got the following Memory Error that I
      didn't have in the previous version of phenix.<br>
      <br>
      r_work: 0.1867 r_free: 0.2372<br>
      Max B subtracted from atoms and used to sharpen map: 20.0<br>
      b_sharp: 25.0<br>
      FEM loop: done so far: 10%Traceback (most recent call last):<br>
      &nbsp; File
      "/usr/local/phenix-1.9-1692/build/intel-linux-2.6/../../cctbx_project/mmtbx/command_line/development_fem.py",

      line 120, in &lt;module&gt;<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; run(sys.argv[1:])<br>
      &nbsp; File
      "/usr/local/phenix-1.9-1692/build/intel-linux-2.6/../../cctbx_project/mmtbx/command_line/development_fem.py",

      line 99, in run<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; sharp=params.sharp, signal_threshold=params.signal_threshold)<br>
      &nbsp; File
      "/usr/local/phenix-1.9-1692/cctbx_project/mmtbx/maps/fem.py", line
      112, in __init__<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; progress_counter = progress_counter)<br>
      &nbsp; File
      "/usr/local/phenix-1.9-1692/cctbx_project/mmtbx/maps/fem.py", line
      204, in fem_loop<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; weighted_average_manager&nbsp;&nbsp;&nbsp; = weighted_average_manager)<br>
      &nbsp; File
      "/usr/local/phenix-1.9-1692/cctbx_project/mmtbx/maps/fem.py", line
      276, in fem_loop_<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; weighted_average_manager = weighted_average_manager)<br>
      &nbsp; File
      "/usr/local/phenix-1.9-1692/cctbx_project/mmtbx/maps/fem.py", line
      234, in one_iteration<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; m = get_map(mc=mc_wa, cg=crystal_gridding)<br>
      &nbsp; File
      "/usr/local/phenix-1.9-1692/cctbx_project/mmtbx/maps/fem.py", line
      20, in get_map<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; fourier_coefficients = mc)<br>
      &nbsp; File
      "/usr/local/phenix-1.9-1692/cctbx_project/cctbx/miller/__init__.py",
      line 4357, in __init__<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; conjugate_flag=True)<br>
      MemoryError<br>
      <br>
      <br>
      <font color="#3333ff">My OS is Ubuntu precise 12.04 LTS, system 32
        bit</font><br>
      <br>
      <br>
      Thanks in advance<br>
      <br>
      Matteo<br>
      <br>
      <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Matteo Colombo PhD
Groupe Extremophile et grands assemblages mol&eacute;culaire
Institut de Biologie Structural J. P. Ebel
6, rue Jules Horowitz
F-38027 GRENOBLE Cedex 1</pre>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>