<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi,<br>
    <br>
    while you can exclude any atoms from refinement, <br>
    <br>
    refinement {<br>
    &nbsp; refine {<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp; sites {<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; individual = not (chain Z and resseq 1:123)<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp; }<br>
    &nbsp; }<br>
    }<br>
    <br>
    that will refine coordinates of everything but atoms in "chain Z and
    resseq 1:123",<br>
    <br>
    I guess you can handle this situation more elegantly. Can you please
    send me PDB file or its portion containing relevant residues (before
    and after refinement, so I see how they pushed apart), and I might
    be able to suggest a better solution.<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 5/22/14, 9:13 PM, Murpholino Peligro
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:CAMdBu0U7NzYnX46s99EapyJj1ZpSTmmq6s4jnvYccF4wTw0kiQ@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div dir="ltr">
        <div>
          <div>
            <div>
              <div>Hi everybody!<br>
                Everytime when I (within coot) do "real space refine"
                two arginines that have two alternate conformations
                ..(interacting by hydrogen bonds); and then
                phenix.refine everything, both conformers move away.
                Therefore, when I open my mtz and pdb files from
                phenix.refine in coot, I'll have green blobs where there
                should be guanidium groups.<br>
                <br>
              </div>
              Can I tell phenix.refine not to move only those two
              residues?<br>
              <br>
            </div>
            It should be something like the following lines in the eff
            file?<br>
            sites {<br>
            &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; individual = None<br>
            &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; torsion_angles = None<br>
            &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; rigid_body = None<br>
          </div>
          &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; remove_selection=resid 45<br>
        </div>
        &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; remove_selection=resid 68<br>
        <div>
          <div>}<br>
            <br>
          </div>
          <div>Thank you very much<br>
          </div>
        </div>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>