<div dir="ltr"><div><br><div><div>In coot I have 
set the map contour level to 5.0 rmsd and I do Validate -&gt; Difference
 Map Peaks ...  and the new window shows me where the peaks are...but 
not all of them. For example, see screenshot attached.<br>
</div><div>(there are peaks above sg cys80 and sg cy64, both appear in 
the visual window in coot but only one of them, cys80, in the listing. If I understand clearly, they should both appear in the visual window and in the listing because I have the same filter (5.0 rmsd). Right? <br><br></div>

Now...the peaks values are from Phenix doing a Isomorphous Difference Map ...<br>
</div>So I do not know if this is from Coot or from Phenix.<br></div><div><br></div><br></div>