<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 14 (filtered medium)">
<style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:SimSun;
        panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:"\@SimSun";
        panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-compose;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:windowtext;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>
<body lang="EN-US" link="blue" vlink="purple">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Dear colleagues,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">I am refining one structure at 1.94 A with phenix.refine with individual b, TLS, and xyz. The Rwork and Rfree are now at 16.1 and 19.8%. But when inspecting the maps, I noticed that the sidechain tip of some residues showed positive density
 and the b-factor for those atoms were very high while those for the other atoms of the same residues were normal; The b-factors for newly added ligands were also not refined well showing high b-value and positive density at the same time; the disulfide bonds
 also show positive density and high B. The occupancy were all set to 1. <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">Please give suggestions. Thanks!<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Best regards,
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.5pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></b></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.5pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Tongqing<o:p></o:p></span></b></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.5pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></b></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.5pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Tongqing Zhou, Ph.D.<o:p></o:p></span></b></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Staff Scientist<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Structural Biology Section<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Vaccine Research Center, NIAID/NIH<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Building 40, Room 4609B<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">40 Convent Drive, MSC3027<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Bethesda, MD 20892<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">(301) 594-8710 (Tel)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">(301) 793-0794 (Cell)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">(301) 480-2658 (Fax)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#A6A6A6">******************************************************************************<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#A6A6A6">The information in this e-mail and any of its attachments is confidential and may contain sensitive information. It should not be used by anyone who is not the
 original intended recipient. If you have received this e-mail in error please inform the sender and delete it from your mailbox or any other storage devices. National Institute of Allergy and Infectious Diseases shall not accept liability for any statements
 made that are sender's own and not expressly made on behalf of the NIAID by one of its representatives.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#A6A6A6">******************************************************************</span><span style="color:#A6A6A6"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
</body>
</html>