<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    Hi Rex,<br>
    <br>
    <blockquote
      cite="mid:1402605221.63973.YahooMailNeo@web87705.mail.ir2.yahoo.com"
      type="cite">
      <div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:arial,
        helvetica, sans-serif;font-size:14pt">
        <div><span></span></div>
        <div>I have taken over a high resolution set of protein data
          which has H atoms built in.</div>
        <div>For non-H atoms having 2 or three H atoms these H atoms
          each carry the same atom number</div>
        <div>in the pdb file.</div>
        <div>Phenix will not accept this format.</div>
        <div>Should I delete all H-atoms and reassign them in the next
          Phenix refinement run?<br>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    if you got structure from somewhere (not Phenix) with H already
    present and Phenix does not recognize them, then it's best to remove
    H:<br>
    <br>
    phenix.reduce -trim model_with_H.pdb &gt; model_no_H.pdb<br>
    <br>
    and then add them back<br>
    <br>
    phenix.ready_set model_no_H.pdb<br>
    <br>
    then use the new file with H from this point on.<br>
    <br>
    Note, you can do both steps using the GUI.<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
  </body>
</html>