<div dir="ltr">Hi Pavel,<div><br></div><div>It turns out I do have some special positions. Waters sit near a 2 fold axis. I have given them 0.5 occupancy. No error comes up but they simply get kicked out of the electron density. Maybe I should turn off rigid body refinement since I don&#39;t need it? Below is a link to a screen shot.</div>
<div><br></div><div><a href="https://www.dropbox.com/s/lt3hqzjmygin9l8/special_position.png">https://www.dropbox.com/s/lt3hqzjmygin9l8/special_position.png</a><br></div><div><br></div><div>-Yarrow</div><div><br></div></div>
<div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jun 18, 2014 at 8:49 AM, Pavel Afonine <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pafonine@lbl.gov" target="_blank">pafonine@lbl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi Yarrow,<br>
    <br>
    oh good! I&#39;m glad you solved the problem -:)<br>
    <br>
    All the best,<br>
    Pavel<div><div class="h5"><br>
    <br>
    <div>On 6/18/14, 8:02 AM, Yarrow Madrona
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite">Hi Pavel,
      <div><br>
      </div>
      <div>Thanks for your quick response. It turns out that after I
        reprocessed a data set in a higher symetry space group I forgot
        to use a reference mtz so the orientation was completely off. I
        just re-ran phaser and everything worked fine. I didn&#39;t run
        rigid body refinement after phaser.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>The original error message didn&#39;t list the atoms and I am not
        sure how it could have any atoms on special positions with the
        solution being completely wrong. Probably nothing to worry
        about.</div>
      <div>
        <br>
      </div>
      <div>-Yarrow<br>
        <br>
        On Tuesday, June 17, 2014, Pavel Afonine &lt;<a href="mailto:pafonine@lbl.gov" target="_blank">pafonine@lbl.gov</a>&gt;
        wrote:<br>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
          Hi Yarrow,<br>
          <br>
          ok, I wish that error message (that I put a while ago, in 2009
          to be precise) lists those atoms... Can you send me the file
          so I can tell you what these atoms are?<br>
          <br>
          In general, if at rigid-body refinement stage you have atoms
          at special positions it is unlikely to be right.<br>
          <br>
          Pavel<br>
          <br>
          On 6/17/14, 12:56 PM, Yarrow Madrona wrote:<br>
          <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
            Hi,<br>
            <br>
            I am trying to do rigid body refinement, however I get an
            error in phenix telling me that there are atoms at special
            positions.<br>
            <br>
            I am not sure how to determine which atoms are at special
            positions so that I can exclude them from rigid body
            refinement. Can someone help me with this? Thank you.<br>
            <br>
            -Yarrow<br>
          </blockquote>
          <br>
        </blockquote>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </div></div></div>

</blockquote></div><br></div>