<div dir="ltr">Thank you- Edward Berry&#39;s and your steps should help me on  my way.<div><br></div><div>Thank you so much for putting up with this novice&#39;s questions !</div><div>i appreciate all the help I have got in this community.</div>

</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jun 18, 2014 at 3:08 PM, Pavel Afonine <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pafonine@lbl.gov" target="_blank">pafonine@lbl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi George,<br>
    <br>
    two lines to do this:<br>
    <br>
    phenix.get_cc_mtz_pdb cut_out_density.mtz modelledFragment.pdb<br>
    phenix.get_cc_mtz_pdb cut_out_density.mtz nativeFragment.pdb<br>
    <br>
    or whatever the GUI clicks for this are.<br>
    <br>
    Please note, to rename cut_out_density.MTZ -&gt; cut_out_density.mtz
    , which is the bug on our side.<br>
    <br>
    Pavel<div><div class="h5"><br>
    <br>
    <div>On 6/16/14, 1:26 PM, George
      Devaniranjan wrote:<br>
    </div>
    </div></div><blockquote type="cite"><div><div class="h5">
      <div dir="ltr">Hi everyone,
        <div><br>
        </div>
        <div>I apologize at the beginning itself as I am new to using
          PHENIX/X-ray crystallography so this question might not make
          the most sense but I will try and explain it well.</div>
        <div>
          <br>
        </div>
        <div>I cut out a part of a map for a PDB fragment using phenix
          map cut out density resulting in a MTZ file.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Now I changed the fragment (changed its phi and psi
          externally) and want to calculate the RSR [real-space R
          -factor] for the model based on the old density (to check if I
          have made things worse or not).</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>how can I go about this? I tried using phenix.refine
          couldn&#39;t get it to work.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>I have attached the MTZ fragment, the original PDB fragment
          and the modified PDB fragment.</div>
        <div>native: nativeFragment.pdb</div>
        <div>model: modelledFragment.pdb</div>
        <div>MTZ: cut_out_density.MTZ</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>(I can see mine is worse but I want to quantify that
          &quot;badness&quot;)</div>
        <div><br>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Thank you,</div>
        <div>George</div>
      </div>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <br>
      </div></div><pre>_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </div>

</blockquote></div><br></div>