<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi George,<br>
    <br>
    two lines to do this:<br>
    <br>
    phenix.get_cc_mtz_pdb cut_out_density.mtz modelledFragment.pdb<br>
    phenix.get_cc_mtz_pdb cut_out_density.mtz nativeFragment.pdb<br>
    <br>
    or whatever the GUI clicks for this are.<br>
    <br>
    Please note, to rename cut_out_density.MTZ -&gt; cut_out_density.mtz
    , which is the bug on our side.<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 6/16/14, 1:26 PM, George
      Devaniranjan wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:CAFU65PcmfMsXgWs0voL0Taheisk70qV1L4sKTTFD-bGwY1Wh+g@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div dir="ltr">Hi everyone,
        <div><br>
        </div>
        <div>I apologize at the beginning itself as I am new to using
          PHENIX/X-ray crystallography so this question might not make
          the most sense but I will try and explain it well.</div>
        <div>
          <br>
        </div>
        <div>I cut out a part of a map for a PDB fragment using phenix
          map cut out density resulting in a MTZ file.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Now I changed the fragment (changed its phi and psi
          externally) and want to calculate the RSR [real-space R
          -factor] for the model based on the old density (to check if I
          have made things worse or not).</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>how can I go about this? I tried using phenix.refine
          couldn't get it to work.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>I have attached the MTZ fragment, the original PDB fragment
          and the modified PDB fragment.</div>
        <div>native: nativeFragment.pdb</div>
        <div>model: modelledFragment.pdb</div>
        <div>MTZ: cut_out_density.MTZ</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>(I can see mine is worse but I want to quantify that
          "badness")</div>
        <div><br>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Thank you,</div>
        <div>George</div>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>