Hello again, <div><br></div><div>have fixed the CIF and I still get a large overall bond deviation &gt; 0.03, even when using wxc_scale = 0.02. It does not change much even though the angle sigmas move from 1.4 to about 0.7.<br>
<div><br></div><div>Is there anyway to set a target of say, .0015 and optimize the R/Rfree around this? My resolution is 2.5 A. Is it possible I am over parametizing using isotropic B factor refinement and individual coordinate refinement? I estitmate my parameter/obs ratio to be ~ 1.5. I have an unusuallyl large solvent content, about 65%.<br>
<br>On Monday, June 23, 2014, Yarrow Madrona &lt;<a href="mailto:amadrona@uci.edu">amadrona@uci.edu</a>&gt; wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">
<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:15.555556297302246px">Hello,</span><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:15.555556297302246px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:15.555556297302246px">

I have a ligand bound to a heme and I have supplied a CIF for phenix in refinement. I did not include all atoms just, those close to the iron. Unfortunately, I am getting very large reported bond deviations for other atoms. For example I get:</div>

<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:15.555556297302246px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:15.555556297302246px"><div>bond pdb=&quot;FE   HEM A 410 &quot;</div><div>     pdb=&quot; N3  CPZ A 500 &quot;</div>

<div>  ideal  model  delta    sigma   weight residual</div><div>  2.100  4.054 -1.954 2.00e-01 2.50e+01 9.54e+01</div></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:15.555556297302246px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:15.555556297302246px">

N3 and FE are not bonded and not expected to be close to one another. it is not supported by the structure. I suspect that this is causing my overall bonds deviations to be ~0.03 even if I greatly reduce the weight of wxc.</div>

<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:15.555556297302246px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:15.555556297302246px">Is it necessary to enter all of these outliers into the .cif file or is there an easier way? Thank you.</div>

</div>
</blockquote></div></div>